根據上述職責，市食品藥品監督管理局設15個內設機構，其中：綜合處室8個（與市衛生局合署），業務處室7個。均為正科級建制。
（壹）綜合處室
1．辦公室（保衛處）
綜合協調機關黨政事務；負責文秘、會議組織、機要保密、文檔管理、信息、信訪、政務公開、安全保衛等工作。
2．政策法規與行政許可服務處
起草食品藥品監督管理的有關地方性法規、規章草案，承擔規範性文件和行政處罰案件的審核；承擔行政執法監督工作；承擔有關行政復議、行政應訴和聽證等工作；承擔相關行政許可工作。
3．人事處（外事處）
負責機關和直屬機構的機構編制、幹部人事和勞動工資工作；開發醫藥人力資源；負責醫藥各級各類專業技術人員的資質認定、職稱評審等工作；負責全市醫藥系統獎懲工作；承辦醫藥系統因公出國（境）手續。
4．科技教育處
負責有關教育培訓工作；組織實施藥品經營從業人員資格準入制度；組織實施執業藥師(藥師)資格考試、註冊和繼續教育；推進口岸藥品檢驗所的建設和日常管理工作；服務醫藥產業發展；參與藥學（藥品）專業技術職稱評審工作。
5．應急辦公室
擬訂食品藥品救援規劃、制度、預案和措施；指導突發食藥監事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等醫藥應急活動；發布突發食品安全事件應急處置信息。
6．組織處（離退休幹部處）
按幹部管理權限，負責局機關、直屬單位幹部的培養、選拔（選聘）、監督和管理；指導基層單位的幹部管理工作和基層黨組織建設；負責局機關日常黨建事務，指導直屬單位黨員管理等工作；管理幹部檔案；負責縣處級領導幹部出國（境）政審工作；負責統戰、高級知識分子、臺灣事務和僑務等工作；負責局機關離退休幹部工作。
7．宣傳處
宣傳黨的工作方針、政策和法律法規；擬訂並組織實施政治思想工作和職業道德教育；組織開展系統精神文明建設工作；做好新聞報道和新聞發布等工作。
8．信息處
負責擬訂食藥監信息工作規劃；負責局機關信息化建設和部門網站建設，配合市信息主管部門做好有關欄目的維護和信息提供；負責本部門電子政務應用系統及安全保障系統的維護和管理；組織食藥監信息資源的開發、利用和管理工作。
（二）業務處室
1．餐飲安全監管處
承擔餐飲服務環節食品安全和餐飲服務許可監督管理工作；監督實施餐飲服務環節食品安全管理規範；負責重大活動餐飲食品安全保障；開展餐飲服務環節食品安全狀況調查和監測；負責公布餐飲服務環節食品安全日常監督管理信息;參與餐飲服務環節食品安全事故調查。負責協調市衛生監督所開展全市餐飲業、食堂等餐飲服務環節食品安全日常監管工作。
2．保健食品化妝品監管處
負責保健食品、化妝品監督管理工作；負責化妝品生產、經營衛生監督管理；監督實施保健食品生產經營質量管理規範及化妝品衛生許可有關規範、化妝品衛生標準和技術規範；開展保健食品安全監測和評價。
3．藥品安全監管處(藥品註冊處)
監督實施國家藥品標準、直接接觸藥品的包裝材料和容器產品目錄、藥用要求及標準；監督實施藥品生產、中藥材生產、醫療機構制劑、藥物非臨床研究和藥物臨床試驗質量管理規範；配合實施藥品分類管理制度；配合實施中藥保護品種制度；配合實施國家基本藥物制度；開展藥品不良反應和藥物濫用監測；配合藥品再評價和淘汰審核工作；依法監管麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品、放射性藥品、藥品類易制毒化學品、藥源性興奮劑；監管藥品委托生產。
4．醫療器械監管處
監督實施醫療器械標準，負責第壹類醫療器械產品註冊，負責轄區內醫療器械生產和經營企業的監督檢查，依法接受醫療器械經營企業許可等委托監管工作。配合實施醫療器械不良反應事件監測。
5．藥品流通監管處
負責藥品零售、連鎖企業許可證的核發及管理；監督實施藥品經營質量管理規範；監督實施藥品流通領域處方藥、非處方藥分類管理；負責藥品流通、使用環節的日常監管；參與互聯網藥品信息服務和交易行為監管；參與藥品（含基本藥物、醫療器械）招標監管。
6．藥品稽查處（蘇州市藥品監督稽查支隊）
組織實施藥品、醫療器械、保健食品、化妝品監督管理稽查制度；組織查處有關方面的違法行為；擬訂全市相關產品的抽驗計劃並組織實施；指導和監督縣級市和區有關方面的稽查執法、產品召回和案件查處工作；承擔藥品、醫療器械及保健食品廣告監測和提請查處。
7．財務審計處
擬訂食品藥品監管發展規劃並組織實施；擬訂局機關和直屬單位規劃、財務管理制度並組織實施；組織編制機關和直屬單位的經費預算、決算草案；安排、管理有關項目經費；監管局機關、直屬單位國有資產；承擔本系統行政事業性收費的監督管理工作；負責局機關會計核算、財務收支管理。