中國醫藥教育協會的業務範圍是：醫藥教育管理、業務培訓、學術交流、專業展覽、書刊編輯、咨詢服務、國際合作。協會涉及的主要工作領域是：高等藥學教育、醫藥職業技術教育、藥監系統和醫藥行業的崗位培訓、醫藥行業繼續教育、國際合作等。協會建立了全國醫藥教育網站，與中國藥科大學，廣東藥學院***同主辦“藥學教育”雜誌，並創辦了“醫藥教育通訊”。
中國醫藥教育協會下設三個專業委員會和協會秘書處、培訓部、學術部、國際合作部等常設工作機構。
中國醫藥教育協會自成立以來，根據協會的章程，在主管部門的指導下，積極開展工作，建立了具有特色的全國醫藥教育網絡。成立了高等藥學院校（系）委員會、職業技術教育委員會、成人教育委員會,這三個委員會的建成，構成了協會工作的主體，包括了高等藥學教育、醫藥職業技術教育、醫藥行業職工的崗位培訓和繼續教育在內的醫藥教育部門的各個層次和專業領域。在教育層次上涉及培養從中專生到博士生的多層次各類藥學專門人才，涉及培養在職的初級到高級的專業技術人員、行業管理幹部，覆蓋了醫藥教育的方方面面。
近年來，中國醫藥教育協會在國務院國有資產監督管理委員會的領導下，全面貫徹黨的路線方針、政策，堅持科學發展觀，圍繞中心、服務大局，開展了壹系列活動。與清華大學、北京大學、人民大學等知名大學舉辦了研究生課程及學位班；與衛生部人才交流服務中心舉辦了“全國醫藥衛生行業第六屆人才交流洽談會；開展了 “放心用藥教育工程”誠信品牌活動；舉辦了肝病用藥、乳腺疾病、健康飲奶、皮膚頑癥等科普宣傳教育活動。為慶祝抗戰勝利六十周年，在人民大會堂舉辦了新骨態心系革命老區，藥品捐贈啟動儀式，會後我們分赴井崗山、安徽經縣、陜西商州、米脂，為抗日老戰士捐贈藥品價值200多萬元。我們創建了協會網站——中國醫藥教育協會網；建立了醫藥搜索引擎，目前已輸入上萬個品種；擬同美國馬裏考帕大學聯合在網上舉辦健康教育大課堂等。協會以安全用藥教育為宗旨，發揮自身資源優勢，組織會員單位，心系大眾、關愛民眾健康，開展了壹系列活動，取得了良好的社會效益。
目前，醫藥教育形勢大好，提高教育質量，培養創新型人才是高等教育壹項突出任務，加強職業技術教育、提高企業自主培訓能力、搞好技能人才隊伍建設是當前的熱點問題。我們要抓住機遇，乘勢而上，發揮協會的組織協調作用，努力爭取政府部門的支持，加強對各委員會的指導，為推動我國醫藥教育事業的創新和發展做出更大貢獻。
組織機構
協會下設四個工作機構、三個專業委員會和二個代表處。
工作機構
1、秘書處：
綜合協調處理協會日常事務工作，負責協會的人事財務，負責與各辦事機構、分支（代表）機構和會員單位的聯絡，承擔領導交辦的各項事務工作。
2、培訓部：
綜合管理協調協會的培訓工作，開展業務咨詢和會展服務工作，編輯培訓大綱、教材和參考資料等。
3、學術部：
開展醫藥學術交流、考察和科學研究，書刊、教材編輯。承擔協會專家委員會的日常工作。
4、國際合作部
綜合管理協調協會的國際交流與合作項目。開展國際間的交流與合作，采取“走出去，引進來”的方式，促進國際間同行的學習與交流.
分支機構
1、高等藥學院校（系）委員會
參與全國高等藥學教育的規劃、計劃及有關方針、政策的研究和討論，為有關部門的決策提供參考依據和建設性意見。承接上級領導部門委托的有關藥學事業研究課題或其他任務。定期召開各種研討會，促進國際與校際的協作與交流。舉辦各種進修班、學術報告會、組織業務培訓、編寫有關教材以及咨詢服務工作。
2、成人教育委員會：
開展成人教育的理論研究，編輯和發行有關刊物、資料、教材、書籍等；為全國醫藥企事業單位提供培訓和咨詢服務；舉辦研討會，開展學術交流與合作。
3、職業技術教育委員會
開展職業教育的理論研究，定期召開各種研討會；編寫和創新理論課程教材和實訓課程教材；參與醫藥行業特殊工種職業資格標準的制定、職業培訓和資格鑒定工作；開展國內外學術交流與合作。