根據上述職責，市衛生局設7個職能科室。
（壹）辦公室
組織協調局機關日常工作；負責局機關文電、會務、督辦、信息、信訪、檔案、機要、調研、安全保密、新聞宣傳、安全生產、資產管理、政務公開和綜合性文稿起草等工作。
（二）政工科
負責局機關和直屬單位的黨群、人事管理、機構編制、外事等工作；組織開展衛生行業的行風建設和精神文明建設，建立和完善行業自律機制；組織實施全市衛生人才發展規劃，指導衛生行業高層次人才引進工作；負責局機關並指導直屬單位離退休人員的管理服務工作。
（三）規劃財務科
擬訂全市衛生事業發展規劃，規劃協調全市衛生資源配置；指導相關預算管理單位的財務、基本建設、政府采購工作；監督國有資產管理工作；負責藥品和醫療器械采購監管工作；提出市級醫療服務價格的政策建議；承擔衛生統計與信息工作；指導基層衛生體系建設。
（四）醫政科（掛藥物政策與基本藥物制度科牌子；基層衛生與婦幼保健科與其合署）
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關規劃、政策、規範、標準並組織實施；承擔醫療機構醫療服務質量和執業醫師、執業護士資格制度的實施和監管；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；承擔推進公立醫院改革工作；擬訂醫學科技、教育發展規劃，組織實施重點醫藥科研攻關項目，指導醫學科技成果的推廣工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織實施衛生專業技術人才崗位培訓工作；組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作；組織指導政府及民間醫療衛生對外交流、合作與援助工作；貫徹執行國家基本藥物制度和國家藥物政策，組織實施藥品法典、國家和全省基本藥物目錄並監督指導。
承擔綜合管理農村基本衛生保健和新型農村合作醫療工作，擬訂有關規劃、政策、標準並組織實施；組織指導農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實；擬訂社區衛生服務相關規劃、政策和工作標準並組織實施；指導社區衛生服務體系建設和業務管理工作；擬訂婦幼衛生發展規劃、政策措施、技術規範並組織實施；依法監督管理母嬰保健服務機構、專項技術和執業人員的準入；監督指導《母嬰保健法》、《婦女發展綱要》、《兒童發展綱要》的實施；擬訂健康教育相關規劃、政策措施並組織實施。
（五）市中醫藥管理辦公室（掛市幹部保健辦公室牌子）
擬訂全市中醫藥事業發展規劃，並組織實施和監督檢查；對全市中醫醫、教、研和中西醫結合及民族醫療保健工作進行宏觀管理與業務指導；負責市保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作；負責市直幹部保健對象及全市重要會議和重大活動的醫療衛生保障工作；指導全市幹部保健工作。
（六）疾病控制科（掛市愛國衛生運動委員會辦公室牌子；衛生應急辦公室〈掛市突發公***衛生事件應急指揮中心牌子〉與其合署）
擬訂疾病預防控制和愛國衛生運動方面的政策；擬訂全市重大疾病及公***衛生相關疾病的防治規劃、上級免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系；承擔實施突發公***事件的疾病預防控制工作；承擔法定報告傳染病疫情信息的有關工作；承擔地方病防治、愛國衛生運動方面的有關工作。
擬訂全市衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施並組織實施；指導和組織突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動，對重大自然災害、事故災難、社會安全事件等組織實施緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；承擔突發公***衛生事件應急處置信息的有關工作。
（七）食品安全與衛生監督科
依法參與食品安全重大事故的查處；負責食品及相關產品的安全風險監測、評估和預警工作；指導規範衛生行政執法工作；按規定負責職業衛生、放射衛生和學校衛生的監督管理工作；負責公***場所的衛生安全監督管理工作，負責飲用水的衛生安全監督管理工作；負責醫療機構監管和傳染病防治監督工作等。