(1)辦公室。
負責文電、會議、機要、檔案、信息、保密、信訪、外事、接待、機關後勤、綜治、安全、政務公開、督查等工作；承擔機關和指導機構的內部審計、財務和資產管理工作；負責起草全市食品藥品監管發展規劃並組織實施，組織協調本系統信息化建設。
(2)政策法規司。
起草有關地方性法規草案；承擔相關規範性文件的審核工作；組織實施行政執法責任制，負責行政執法監督；承辦相關的行政復議、行政訴訟和聽證；負責處理議案和提案。
(3)食品安全協調辦公室。
負責食品安全綜合協調，組織協調相關部門承擔的食品安全監管工作；食品安全檢測評價綜合協調及其體系建設；組織和指導全市食品安全宣傳教育工作；根據市政府授權，組織協調全市重大食品安全事故的調查處理和開展專項食品安全執法監督檢查活動。
(四)保健品和化妝品監管部門。
監督保健食品和化妝品國家標準的實施；監督保健食品和化妝品生產經營質量管理規範的實施；指導保健食品和化妝品安全性檢測評價及其體系建設；承擔保健食品和化妝品安全信息的分析、預測和發布；負責保健食品經營企業的許可；負責保健食品和化妝品生產經營企業的日常監管；受省食品藥品監督管理局委托，承擔化妝品生產企業衛生許可審查和化妝品生產企業非特殊用途化妝品備案工作。
(5)醫療器械監管辦公室。
監督醫療器械國家標準的實施；承擔醫療器械標準的相關監管工作；負責第壹類醫療器械註冊證書的發放；組織實施對醫療器械生產、經營和使用的監督管理；組織實施對醫療機構醫療器械使用情況的監督檢查；受省級美國食品藥品監督管理局委托，承擔醫療器械生產經營許可證的受理、變更和換證工作；負責醫療器械不良事件和藥物濫用的收集和報告。
(6)藥品安全監督辦公室。
組織實施對藥品研究、生產和使用的監督檢查；監督藥品生產、醫療機構制劑和藥品臨床試驗質量管理規範的實施；監督國家藥品標準和藥包材國家標準、行業標準的實施；組織特殊藥品的監督檢查，負責科研、教學需要的醫療用毒性藥品的購用申請和第二類精神藥品零售業務的審批；受省級美國食品藥品監督管理局委托承擔藥品註冊、生產、特殊藥品相關行政許可檢查和醫療機構制劑註冊審核；承擔廣州港藥品進口備案相關工作；配合有關部門實施國家基本藥物制度；指導藥品檢驗和藥品不良反應監測機構的相關業務工作。
(7)藥品流通監管辦公室。
監督《藥品經營質量管理規範》和處方藥、非處方藥分類管理制度的實施；指導藥品經營監管、中藥材專業市場監管和農村藥品監管網絡和供應網絡建設；參與醫療保險定點零售藥店的資格審查、評估、監督和檢查；承擔儲備藥品質量的監督管理；受省美國食品藥品監督管理局委托，承擔藥品零售企業(含藥品零售連鎖企業零售店)GSP認證的頒發、變更和撤銷，以及藥品經營企業(批發)許可工作的數據采集和現場審查。
(八)組織人事處(與黨委辦公室合署辦公)。
負責機關及直屬單位人事管理、機構編制、勞動工資、計劃生育、統戰、僑務、黨群、離退休幹部工作；負責藥學專業技術職稱評審，參與執業藥師註冊工作。