1999年後，國家食品藥品監督管理局篩選並頒發了《國藥準字》批準文號：國藥準字Z53020799，原來是雲南省地方藥品，1999年以後，省、自治區、直轄市監察局或衛生廳無權審批該藥品的批準文號。
由於歷史原因，以前省級藥監部門擁有藥品審批權，壹些藥品使用地方批準文號，如《北京市衛生藥品準字號》、《上海市衛生藥品準字號》等。這些藥品按照各省、直轄市的地方藥品標準審批，不利於全國藥品的統壹管理。
為了保證臨床用藥安全，1998年，國家藥品監督管理局成立後，1999年，國家將過去按地方藥品標準，篩選出的 "X（省）衛藥準字 "格式的藥品進行清理整頓，換成國家標準的藥品發放。對符合國家標準的藥品核發 "國藥準字 "批準文號，對不符合國家標準的藥品予以淘汰，同時將新藥審批權收歸國家食品藥品監督管理局。
在現行的《藥品管理法》中，生產藥品 "需要經國務院藥品監督管理部門批準，發給藥品批準文號"。藥品批準文號的格式為 "國藥準字（試）+字母+8位數字"。其中 "藥 "字代表藥品，這是最基本的性質（與保健食品和醫療器械區別），"準 "字代表國家批準生產的藥品，"試 "字代表國家 準字代表國家批準生產的藥品，"試 "字代表國家批準試生產的藥品。字母包括 H、Z、S、B、T、F、J，分別代表不同類別的藥品：H代表化學藥品，Z代表中成藥，S代表生物制品，B代表保健藥品，T代表體外化學診斷試劑，F代表藥用輔料，J代表進口分包裝藥品。
藥品批準文號的8位數字中，第1、2位數字代表原批準文號的來源，其中10代表衛生部批準的原研藥.......。
自2002年1月1日起，經批準生產的新藥、仿制藥和通過地方標準整頓或再評價升級為國家標準的藥品，壹律使用新的藥品批準文號格式：國藥準字H（Z、S、J、T、F）+4位年份+4位順序號。