無機化學、有機化學、分析化學、物理化學，這四門課程稱為“四化”，是藥學專業必修的化學主幹課程。
還有藥理學、藥物分析、藥物化學、藥學、生物化學、微生物學和免疫學、醫學數理統計、人體生理解剖學、有機光譜分析、化學制藥技術、藥物合成反應、化工原理等等。
有些學校，比如沈陽藥科大學(業內所謂的“北藥”)，制藥工程專業在大四會分化學制藥和藥物化學兩個主要方向。前者主要是針對藥品生產企業的需求，後者是針對醫學科研的需求。但兩者區別並不大，有很多相似之處。
自從國家美國食品藥品監督管理局頒布了新的藥品註冊管理辦法後，制藥工程專業的前景更加客觀。所以現在很多學校都開設這個專業，是在我們學校的強勢學科基礎上發展起來的。比如醫學院和化學學院，各有優勢，但各自的缺點也很明顯。這是由於本專業的跨學科特點。
如果有興趣申請藥學院，值得參考學校。
首先，業內有所謂的“兩院三系”，即中國藥科大學(原南京藥科大學、南藥)、沈陽藥科大學(原沈陽藥科大學、北藥)、北京大學藥科大學(原北京醫科大學)、復旦大學(原上海醫科大學)、四川大學華西藥學院(原華西醫科大學)。
還有壹些綜合性大學的藥學系，如浙江大學、山東大學、第二軍醫大學、中南大學等。
此外，廣東藥科大學也可以成立，但成立時間比南藥北藥晚很多，所以不在業內“二院三系”之列。但它是中國第三所獨立的藥學院。(第壹個是北醫，1931年)，第二個是南醫，1936年)。