壹般來說，食品加工過程是原料—半成品—成品，加工車間須按照產品的加工進程順序進行布局，即從非清潔到清潔環節過渡，不允許在加工流程中出現交叉和倒流。清潔區與非清潔區之間要采取相應的隔離措施，以便控制彼此間的人流和物流，從而避免產生交叉汙染，加工品傳遞通過傳遞窗進行。
2、原料的處理與成品生產使用同壹潔凈區域
原料的接收、驗收，原材料預處理和原料保管，全部生產加工過程直到成品入庫，要求在壹條生產流水線上，杜絕生產加工過程的交汙染。
3、無菌潔凈車間的空間要與生產相適應
潔凈車間的大小依需要而定，壹般情況下，生產凈化車間內的加工人員的人均擁有面積（除設備外）不少於1.5 平方米。過於擁擠的凈化車間，不僅妨礙生產操作，而且人員之間的相互碰撞，人員工作服與生產設備的接觸，很容易造成產品汙染。另外，車間內的墻壁應光滑無死角，以便清洗和消毒。潔凈車間應為密閉式並保持車間靜壓差為正壓，設置空氣消毒用的紫外線燈、臭氧殺菌、空氣過濾凈化器和空氣凈化裝置。
4、生產區、生活區和廠前區布局合理
生活區(包括宿舍、食堂、浴室等)應位於生產區的上風向。廠前區(包括傳達室、辦公樓、停車場、車庫等)要與生產區分開。物流通道和產塵量大的建築，如鍋爐房，要建在廠區常年主導風向的下風側。相互有影響的生產工藝，不宜設在同壹建築物內時，各自生產區域之間應有有效的隔斷措施。生產發酵產品應具備專用發酵車間。