《藥品經營許可證》的核發、延續、變更和監督管理，適用《藥品經營許可證管理辦法》。國家食品藥品監督管理局負責全國《藥品經營許可證》的監督管理工作。
各省、自治區、直轄市食品藥品監督管理局負責本轄區藥品批發企業《藥品經營許可證》的核發、換發、變更和日常監督管理，並指導和監督下級食品藥品監督管理部門開展《藥品經營許可證》的監督管理工作。
市級食品藥品監督管理部門或者省、自治區、直轄市食品藥品監督管理部門直接設立的縣級食品藥品監督管理部門負責轄區內藥品零售企業《藥品經營許可證》的核發、延續、變更和日常監督管理工作。
法律依據："藥品經營許可證管理辦法》第四條 依照《中華人民共和國藥品管理法》第十四條的規定，開辦藥品批發企業，應當遵守省、自治區、直轄市藥品批發企業合理布局的規定，並符合下列設置標準：
（壹）有保證所經營藥品質量的規章制度；
（二）企業、企業法定代表人或者負責人、質量管理負責人不具有《藥品管理法》第七十五條、第八十二條規定的情形；
（三）具有與經營規模相適應的壹定數量的執業藥師。質量管理負責人具有大學本科以上學歷，且必須是執業藥師；
（四）有能夠保證藥品儲存質量要求、與其經營品種和規模相適應的常溫庫、陰涼庫、冷庫。倉庫內有適合儲存藥品、器械的專用貨架和設備，可實現藥品進、傳、分、架、出的現代物流系統；
（五）擁有獨立的計算機管理信息系統，可覆蓋企業藥品購進、儲存、銷售、經營、質量控制的全過程；能全面記錄企業經營管理信息和《藥品經營質量管理規範》執行情況；符合《藥品經營質量管理規範》；符合《藥品經營管理規範》。資料；符合《藥品經營質量管理規範》對藥品經營各環節的要求，並具備實現接受當地食品藥品監督管理部門監督的條件；
（六）符合《藥品經營質量管理規範》對藥品經營場所及輔助、辦公用房和倉庫的管理要求，在庫藥品質量安全和出入庫、在庫儲存養護條件。
國家對麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、預防用生物制品的經營另有規定的，從其規定。