(1)藥材防黴:大氣中有大量黴菌孢子，如散在藥材表面。在適宜的溫度(25℃左右)和濕度(空氣中相對濕度在85%以上或藥材含水量超過65438±05%)以及適宜的環境(如避光處)和充足的營養條件下，萌發成菌絲，分泌酶，分解、溶解藥材制成藥材。
因此，防止黴變的重要措施是保證藥材儲存後幹燥、防潮、防熱、通風。對於有黴變的藥材，可以簡單的刷洗晾幹，如果黴變痕跡嚴重，可以用水、醋、酒清洗後晾幹。
(2)藥材防蟲:蟲蛀對藥材影響很大。為了預防和消滅蟲害，大量藥材倉庫主要采用氯化苦、磷化鋁等化學藥劑熏蒸殺蟲。對於藥房保存的少量藥材，除農藥外，可采用以下方法防蟲。
1.封口方式:—壹般是壹塊壹塊的封口。可以使用適當的容器並用蠟或血液材料密封。怕熱的藥材可以用幹沙或稻糠掩埋密封，貴重的藥材可以用二氧化碳或氮氣密封。
2.冷藏法:溫度在5℃左右不易生蟲，可在冷窖冷藏幹燥。
3.拮抗:這是兩種傳統方法，適用於少量藥材。比如澤瀉和牡丹皮壹起存放，澤瀉無蟲，牡丹皮不變色，花椒放在白花蛇裏，樟腦放在鹿茸裏，栝樓和酒放在蛙油裏，等等。
(3)藥材的其他變質情況。
1.變色:由酶引起的變色。如果藥材中合成成分的結構中有酚羥基，在酶的作用下通過氧化聚合形成大分子有色化合物，使藥材變色；如黃酮類、羥基蒽醌類、鞣質類等藥材，所以容易變色。非酶變色復雜，或因藥材中所含的糖和糖酸分解生成糠醛及其類似化合物，與壹些含氮化合物縮合形成褐色色素；或者由於藥材中所含蛋白質中的氨基酸與還原糖反應，生成大分子棕色物質，使藥材變色。此外，壹些外界因素如溫度、濕度、陽光、氧氣、農藥等。大多與顏色變化的速度有關。所以要防止藥材變色，往往需要幹燥避光冷藏。
2.泛油:泛油是指油性藥材泛在藥材表面，以及部分藥材表面的油性物質經潤濕變色後泛在藥材表面的油質。前者包括柏子仁、杏仁、桃仁、郁李仁(含脂肪油)和當歸。肉桂(含揮發油)，後者如蘆筍、人參、枸杞(含糖)。藥材的“油泛”除了油性成分的損失外，往往還伴隨著藥材的變質。防止“油泛”的主要方法是冷藏和暗儲。
另外，如果中藥材由於化學成分的自然分解、揮發、升華而不能長期保存，要註意的是，保存期很長。其他如松香在石油醚中溶解度降低，明礬、芒硝易風化脫水，洋地黃、麥角存放時間長易分解。