在選擇化學消毒劑時應考慮：對病原體消毒力強，對人、畜毒性小，不損害被消毒物體，易溶於水，在環境中較穩定，價廉易得且使用方便的消毒劑。
常見的消毒藥物：
（壹）堿類消毒劑。如火堿、生石灰和草木灰。火堿不能用做豬體消毒，3%～5%的溶液作用30分鐘以上可殺滅各種病原體。10%～20%的石灰水可塗於消毒床面、圍欄、墻壁，對細菌、病毒有殺滅作用，但對芽抱無效。
（二）雙鏈季銨鹽類消毒劑。如百毒殺、雙季銨鹽絡合碘。此類藥物毒性極低、安全、無味、無刺激性，且對金屬、織物、橡膠和塑料等無腐蝕性，應用範圍很廣，是壹類理想的消毒劑。有的產品還結合殺菌力強的溴原子，使分子親水性和親脂性倍增，更增強了殺菌作用，對各種病原均有強大的殺滅作用。此類消毒劑可用於飲水、噴霧、帶畜禽消毒、浸泡等消毒。
（三）醛類消毒劑。如甲醛溶液（福爾馬林）。僅用於空舍消毒（舍內有動物則不能用）。使用方法：放於舍內中間，按每立方米空間用甲醛30毫升、高錳酸鉀15克，再加等量水，密閉熏蒸2～4小時，開窗換氣後待用。
（四）氧化劑。如過氧乙酸。可用於載豬工具、豬體等消毒，配成0.2%～0.4%的水溶液噴霧。
（五）鹵素類消毒劑。如漂白粉、碘伏等。 （壹）環境凈化與消毒。包括車輛消毒（用3%～5%的來蘇兒液或0.3%～0.5%的過氧乙酸溶液）、道路消毒（經常打掃衛生，每月用火堿溶液消毒1次）、場地消毒（及時消除豬糞、雜草等，凡堆放過的地方用0.5%的過氧乙酸溶液消毒）。
（二）工作人員消毒。工作人員是將病原帶入場區的主要媒介。在豬場門口設置消毒池，人員進入要經過消毒池，然後要去洗澡換掉衣物，穿山潔凈已經消毒過的衣物鞋子，原來穿的衣物要進行熏蒸或者浸泡消毒。從場外購入的物品必經過規定時間的熏蒸消毒後才能進入場內。進入生產區前先洗澡、更換防疫服或工作服。生產區的每棟豬舍門口應設消毒池，池內盛3%～5%來蘇兒液或10%～20%的漂白粉溶液供工作人員進入時蘸腳。每棟豬舍門口的洗手盆內裝稀釋1：600倍的百毒殺-S進行洗手消毒。
（三）豬舍消毒。包括清理、沖洗，待幹燥後用0.5%的過氧乙酸溶液噴灑，再用熏蒸法或火焰法或火堿法等進行消毒。
（四）帶豬消毒。可選用過氧乙酸、次氯酸鈉、百毒殺等，壹般每周消毒1次。
（五）飲水消毒。用漂白粉按每公斤飲水用3～5毫克或用0.025%的百毒殺溶液消毒，每周1次。
（六）死豬和糞便處理。死於傳染病的豬宜遠離豬場深埋或焚燒，死於非傳染病的豬宜高溫處理，豬糞應堆積發酵或入化糞池。 （壹）按消毒對象選擇消毒方法，應合理運用。
（二）按疫病類型確定消毒重點。如經消化道傳播的應搞好環境衛生，加強飼料、飲水和用具的消毒；經呼吸道傳播的應重點做好豬舍空氣和豬體表的消毒。
（三）按疫病流行情況掌握消毒次數。消毒必須定時、定期進行，推廣帶豬消毒法。
（四）掌握好溫濕度。壹般溫度相對高時消毒效果更好些，所以每天上午9：30～11：30、下午3：30～5：00進行消毒較好。濕度在60%～70%時進行消毒效果更好些，舍溫在10℃～30℃時，作用30分鐘即可取得良好效果。
（五）控制好環境酸堿度。微生物的正常生長繁殖的酸堿度範圍是6～8。當pH值大於7時，細菌帶的負電荷增多，有利於火堿等殺滅細菌。
（六）掌握好消毒劑的濃度。例如酒精濃度在70%時消毒效果最好，而非純酒精（98.50%）或65%的稀釋液。
（七）不同消毒藥品不能混合使用。