首先，妳需要把藥物成分、配制方法以及用藥的臨床效果記錄全部整理出來。然後找壹家靠譜的代理機構，簽訂保密協議，然後把妳整理的材料給代理人進行檢索，初步評估是否能申請（因為很可能其他文獻已經公開了這種配方，這個情況下，是不建議再申請的，會因為沒有新穎性而被駁回，不能獲得專利權，白花了申請的費用）。
初步評估確定可以申請後，題主需要和代理機構簽訂委托代理合同，付款，然後代理人根據檢索結果，調整專利保護範圍，撰寫申請文件，期間需要與題主進行數次的溝通和文稿反饋，最終題主確定了申請文件定稿以後，代理機構就會把這個文件提交至國家專利局，由專利局進行審查。撰寫申請文件是基礎，非常重要，因為專利文件提交上去以後，是不能再增加任何新內容的，所以撰寫的時候就必須要考慮全面，布局合理。
專利局對申請文件進行初步形式審查和第二步的技術內容實質審查，壹般情況下，委托代理機構做的專利申請，初步形式審查都沒問題，個人自己申請的話，可能會由於對專利法及相關規定不熟悉而無法通過初步形式審查導致專利被駁回，或者下發審查意見通知書而申請人不知道怎麽答復而被視為撤回，導致專利申請失敗。
實質審查，是發明專利申請的重點，而實質審查中指出的最多的問題，就是專利沒有創造性。
這個階段，審查員會針對專利技術的內容，檢索全球文獻（中文外文都包括），看看有沒有跟本專利相同或者相近的技術，如果發現相近的，就會發審查意見通知書，指出哪些內容已經被公開了，沒有新穎性或者創造性，不能授權。這個時候，就需要考驗代理人的水平了（發明人沒有任何專利申請經驗的，完全不能應付的），代理人會分析審查員說的有沒有道理，有道理的怎麽答辯，沒有道理的怎麽答辯，要不要修改申請文件，怎樣修改才能既可以授權又能爭取最大的保護範圍，等等。當然這其中，對於技術問題的闡述還需要發明人的配合。反反復復這麽幾個來回，如果審查員仍然不認可，那只能收到駁回通知書，專利被駁回；如果最終審查員認可了專利技術的創造性，那恭喜您，專利授權了！這時候專利局會下發授權通知，告知申請人辦理登記手續和繳納年費，繳費以後，過壹段時間，專利局會下發專利證書。整個申請流程就徹底結束了。