目前臨床上很少使用紅汞，尤其是大醫院，幾乎成了“文物”。有兩個最重要的原因。第壹，紅汞的滲透力很弱，只有很小的抑菌作用。有機物或堿性環境會降低其效果，所以消毒效果不可靠。
還有，紅汞是壹種含有重金屬汞的有機化合物，對人體有毒。特別是不能用紅汞給那些大傷口消毒，容易造成汞中毒。另外，對水銀過敏的人不能用。
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擴展數據:
由於擔心潛在的汞中毒，在1998，美國美國食品藥品監督管理局(FDA)將其列為“未經測試”，並在美國停止使用。
日本只有三榮制藥壹直生產到2019。但考慮到汞汙染，日本政府規定紅汞只能生產到2020年底，三榮制藥決定2020年底後停產。大多數其他國家仍在使用紅汞。
紅藥水不能和碘混在壹起。因為紅汞是汞和溴的化合物，所以碘中含有碘。如果將它們混合，紅藥水中的汞和碘酒中的碘會發生化學反應，生成碘化汞。碘化汞對身體組織具有腐蝕性和毒性，從損害皮膚組織到導致發紅、腫脹和水泡，再到導致皮膚中毒和傷口化膿。
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