⑴收入與財富分配不公
這是因為市場機制遵循的是資本與效率的原則。
資本與效率的原則又存在著“馬太效應”。從市場機制自身作用看，這是屬於正常的經濟現象，資本擁有越多在競爭中越有利，效率提高的可能性也越大，收入與財富向資本與效率也越集中；另壹方面，資本家對其雇員的剝奪，使壹些人更趨於貧困，造成了收入與財富分配的進壹步拉大。
這種拉大又會由於影響到消費水平而使市場相對縮小，進而影響到生產，制約社會經濟資源的充分利用，使社會經濟資源不能實現最大效用。
⑵外部負效應問題
外部負效應是指某壹主體在生產和消費活動的過程中，對其它主體造成的損害。外部負效應實際上是生產和消費過程中的成本外部化，但生產或消費單位為追求更多利潤或利差，會放任外部負效應的產生與蔓延。
⑶競爭失敗和市場壟斷的形成
競爭是市場經濟中的動力機制。競爭是有條件的，壹般來說競爭是在同壹市場中的同類產品或可替代產品之間展開的。
但壹方面，由於分工的發展使產品之間的差異不斷拉大，資本規模擴大和交易成本的增加，阻礙了資本的自由轉移和自由競爭。另壹方面，由於市場壟斷的出現，減弱了競爭的程度，使競爭的作用下降。
⑷失業問題
失業是市場機制作用的主要後果，壹方面從微觀看，當資本為追求規模經營，提高生產效率時，勞動力被機器排斥。另壹方面從宏觀看，市場經濟運行的周期變化，對勞動力需求的不穩定性，也需要有產業後備軍的存在，以滿足生產高漲時對新增勞動力的需要。
⑸區域經濟不協調問題
市場機制的作用只會擴大地區之間的不平衡現象，壹些經濟條件優越，發展起點較高的地區，發展也越有利。隨著這些地區經濟的發展，勞動力素質，管理水平等也會相對較高，可以支付給被利用的資源要素的價格也高，也就越能吸引優質的各種資源，以發展當地經濟。
⑹公***產品供給不足
公***產品是指消費過程中具有非排它性和非競爭性的產品。所謂非排它性也就是壹當這類產品被生產出來，生產者不能排除別人不支付價格的消費。因為這種排它，壹方面在技術上做不到，另壹方面卻使技術上能做到，但排它成本高於排它收益。
⑺公***資源的過度使用
有些生產主要依賴於公***資源，如漁民捕魚、牧民放牧。他們使用的就是以江湖河流這些公***資源為主要對象，這類資源既在技術上難以劃分歸屬，又在使用中不宜明晰歸屬。
例子
2003年2月中旬的廣州，市場曾出現每袋幾毛錢的板藍梗暴漲到50元以上壹袋，其它抗病毒的藥品價格也跟著大幅上漲，遠遠偏離正常的市場價格。
四月下旬的北京，由於有了廣州市場的前期教訓，政府采取了壹些措施，北京市場的藥品零售價格雖然沒有出現大幅上漲的現象，但藥品流通的中間環節和以前是完全不同，變得異常熱鬧。
正常情況下在批發價50%以下就可售出的壹些藥品，壹下子要按批發價的90%以上甚至零售價賣給零售商（藥店和醫院），若直接賣給相關團體單位藥品價格就沒有譜了，中草藥的價格就高的太離奇了，確實讓壹些“藥商”歡喜了壹陣。