李可文2004年1月10日在北京大學合同醫院北醫三院行第二次腎移植，術前（四年內僅在北醫三院曾五次化驗乙肝五項，全部陰性）1月9日李可文化驗乙肝五項全部陰性，肝功正常。
移植期間，因醫院管理混亂，造成李可文感染乙肝病毒。從李可文的病例顯示：
1. 術前泌尿科主任馬路林在對腎源沒有經過化驗室的各項病毒化驗即直接用於移植。
2. 取腎現場未對腎源進行快速病毒檢測，直至術前未做任何檢測。
3. 裝運腎源的容器沒有經過滅菌、消毒即投入使用。
4. 手術醫生羅康平是乙肝澳抗陽性（2007年12月7日羅康平乙肝五項化驗證明此前為乙肝患者）
5. 海澱區藥監局行政執法文書證實泌尿外科為李可文使用的ALG抗排異藥生物制品，不是通過醫院藥房購進的，屬於來路不明的血液藥品，違反了《中華人民***和國藥品管理法》的相關規定。
綜上所述，醫院違法、違規行為是造成李可文感染乙肝的原因。
李可文感染乙肝病毒後，轉氨酶升高，2月26日ALT 305u/L;AST 188 u/L,醫院漏診乙肝病毒感染，致使6月15日發展至ALT 544 u/L;AST 668 u/L;總膽紅素205.5，轉入北京地壇醫院。
經查，李可文HCV(+) HCVRNAFO<5.00×102copies/ml,HCV狀態穩定，不是治病原因。HBV大三陽，HBVDNAFO 1.38×109copies/ml,病毒復制及其兇猛，主任醫生講，李可文只有15天生命了。
地壇醫院前院長徐道振教授（世界著名肝病專家、現任衛生部病毒性肝炎防治領導小組成員、衛生部病毒性肝炎專家咨詢委員會專家、衛生部傳染病技術標準委員會副主任、中華全國醫學會傳染病學會副主任委員）親自查房，看過病人病歷後做出明確診斷：重肝診斷明確，患者病情危重，生存希望渺茫……第二次腎移植感染乙肝途徑為血液感染，其特點是進入體內病毒量大……
李可文6月16日轉入天壇醫院，院方組建了搶救小組，全力搶救生命，加強抗病毒治療。同時給予綜合治療支持，終因病情危重，乙肝病毒DNA復制109，尚屬首見，至多系統器官功能衰竭，於2004年7月1日死亡。