（壹）貫徹執行食品（含食品添加劑、保健食品，下同）安全、藥品（含中藥、民族藥，下同）、醫療器械、化妝品監督管理的法律、法規、規章和方針、政策；研究起草地方性法規、規章草案和政策規劃並組織實施。
（二）推動建立落實食品藥品安全企業主體責任、各級政府負總責的機制，建立食品藥品重大信息直報制度，並組織實施和監督檢查，著力防範區域性、系統性食品藥品安全風險。
（三）負責本市食品生產、流通和消費（含餐飲業、食堂等）環節的監督管理。制定本市食品行政許可的實施辦法並監督實施。貫徹落實國家食品安全監管年度計劃、重大整頓治理方案，制定本市食品安全檢查年度計劃、重大整頓治理方案並組織落實。建立食品安全隱患排查治理機制。建立食品安全信息統壹公布制度，公布重大食品安全信息。受理、處理涉及食品安全的消費者申訴、舉報工作。
（四）負責本市藥品和醫療器械生產經營、醫療機構制劑配制、化妝品生產的行政許可和監督管理。組織實施藥品和醫療器械研制、生產、經營、使用質量管理規範。負責藥品、醫療器械、保健食品廣告的內容審查，負責互聯網藥品信息服務、交易的行政許可及其監督管理。監督實施執業藥師資格準入制度，負責執業藥師註冊工作。參與制定地方基本藥物目錄，配合有關部門實施國家基本藥物制度。
（五）參與制定食品安全風險監測計劃和食品安全標準，根據食品安全風險監測計劃開展風險監測工作。制定藥品、醫療器械、化妝品總體質量狀況的評價性抽驗和監督性抽驗計劃，組織實施並發布質量（抽檢）公告。建立藥品和化妝品不良反應、醫療器械不良事件監測體系，開展上市後藥品不良反應、醫療器械不良事件的監測和處置、再評價和安全風險評估工作。負責監督實施食品藥品檢驗檢測機構資質認定條件和檢驗規範。
（六）負責制定本市食品、藥品、醫療器械和化妝品監督管理的稽查制度並組織實施，組織查處重大違法行為，完善行政執法與刑事司法銜接機制，建立問題產品召回和處置制度並監督實施。
（七）負責本市食品藥品安全事故應急體系建設，組織和指導食品藥品安全事故應急處置和調查處理工作，監督事故查處落實情況。
（八）負責制定本市食品藥品安全科技發展規劃並組織實施，推動食品藥品檢驗檢測體系、電子監管追溯體系和信息化建設。
（九）負責開展食品藥品安全宣傳、培訓教育、國際交流與合作。推進相關誠信體系建設。
（十）承擔上海市食品安全委員會日常工作，負責食品安全監督管理綜合協調，推動健全協調聯動機制。承擔食品安全監督考評和協調指導職責，協調本市重大食品安全事故處置工作，督促檢查上海市食品安全委員會決策部署的貫徹執行。
（十壹）負責有關行政復議受理和行政訴訟應訴工作。
（十二）承辦市政府交辦的其他事項。