在古代，瘟疫發生時，朝廷又是怎樣帶領民眾抗疫的呢？在中國古代很長壹段時間裏受政治體制、醫療水平和戰亂的影響，朝廷並沒有專業的公***醫療監控系統。也就是現在每個國家都有的CDC（疾病預防控制中心），往往發生重大瘟疫時朝廷壹般會派些醫官下去救治，采取遷移人口，隔絕疫區等行政手段。這其實只是亡羊補牢之舉。
到了唐朝，政府終於意識到?疫?重在防。設置了醫生巡療體系，也就是專業的醫官，叫醫博士或者醫學博士，領導壹些醫學生組成醫學團隊，到全國各地巡視。防治疫病也是他們的重要工作內容。到宋代的時候，官方在全國各地又設置了官藥局，還有安濟坊、養濟院等醫療慈善機構。並且在唐宋兩朝都比較註重對各類疾病預防知識的普及，並張榜公布對各種疾病需要的藥物名稱、劑量和用法。這些措施有效預防了疫病的發生。
特別在宋朝時，統治者已認識到瘟疫壹旦爆發不僅導致大量人口死亡，甚至動搖國本，危及到王朝的統治。在這種情況下，政府設置了惠及廣大百姓的?惠民藥房?，並於宋熙寧九年（1076）創辦官辦藥局?買藥所。也就是負責制作和出售中成藥專業機構。這種藥局在全國各地都有設置，每到疫情高發季節或逢旱澇荒災之年，政府就會派醫官送醫送藥，為百姓診治。
到元朝和明朝時代惠民藥房依然存在的。如《明史職官誌》記載?洪武三年置惠民藥局，府設提領，州設醫官，凡軍民之貧病者，給之醫藥?。但到了明朝中後期隨著明王朝統治的日腐敗，惠民藥局也漸漸沒落。到清朝更沒有重新啟用這壹很好的醫療機構，在清宣統二年（1910）東北鼠疫發生時，政府只是臨時設立了醫官局，但已沒有行政效力可言，這是由當時清政府腐敗無能造成的。
其實中國古代抗疫最核心的力量來自老百姓和中醫的力量。中醫在傳染病的防治中有很大的貢獻，如宋朝時中醫就研究出以人痘預防天花的方法。明朝醫生就發現水的衛生很重要，就提出：山裏清泉可直接飲用，但靠近人多居住的地方就需燒開喝。北宋時?醫王?龐安時就曾經歷過水源的汙染導致開的藥影響了治病效果的事件。
據說有壹年大旱，湖北浠水縣瘟疫流行，可龐安時發現開的藥在別處可治病，在這裏卻不行。他通過調查走訪發現村民們吃得水太臟了，他和徒弟又為村民找到幹凈的水源後，再施藥救治，果然藥到病除。清代名醫吳宣嵩所著的《鼠疫治法》提出環境衛生的重要?庭堂房屋，灑光明，廚房溝渠，整理清潔，房屋窗戶，通風透氣，凡黑濕處切勿居住?。
古代歷代中醫都很註重傳染病的防治與研究。兩千多年前《黃帝內經》中就有關於疫病的記載，漢代張仲景就寫了我國歷史上第壹部傳染病專著《傷寒雜病論》。
三國時方士葛洪寫的《肘後方》中，最早記載了壹些傳染病的癥狀及診治方法。如天花、恙蟲病等。並立?治漳氣疫癘溫毒諸方?壹章，記載了劈瘟疫藥幹散、老君神明白散、度?散等治療預防瘟疫的方劑。