食品經營者未按規定申請變更經營許可的，由原發證的食品藥品監督管理部門責令改正，給予警告；拒不改正的，處2000元以上1萬元以下罰款。
發現未按規定申請變更經營許可時，責任事項流程具體如下：
1.立案責任：發現食品經營許可證載明的許可事項發生變化，食品經營者未按規定申請變更經營許可的違法行為，予以審查，決定立案；
2.調查責任：對立案的案件，指定專人負責，及時組織調查取證，與當事人有厲害關系的應當回避。執法人員不少於2人，調查時出示執法證件，聽取當事人辯解陳述並作記錄。執法人員保守有關秘密；
3.審查責任：審查案件調查報告，對案件違法事實、證據、調查取證程序、法律適用、處罰種類和幅度、當事人陳述和申辯理由等方面進行審查，提出處理意見。；
4.告知責任：作出行政處罰決定前，制作行政處罰通知書送達當事人，告知違法事實及其享有的陳述、申辯等權利。符合聽證規定的，制作並送達；
5.決定責任：制作行政處罰決定書，載明行政處罰告知、當事人陳述申辯或者聽證情況等內容；
6.送達責任：行政處罰決定書按法律規定的方式送達當事人。
法律依據
《中華人民***和國行政處罰法》第五十五條 行政機關實施行政處罰，有下列情形之壹的，由上級行政機關或者有關部門責令改正，可以對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予行政處分：
（壹）沒有法定的行政處罰依據的；
（二）擅自改變行政處罰種類、幅度的；
（三）違反法定的行政處罰程序的；
（四）違反本法第十八條關於委托處罰的規定的。第五十六條 行政機關對當事人進行處罰不使用罰款、沒收財物單據或者使用非法定部門制發的罰款、沒收財物單據的，當事人有權拒絕處罰，並有權予以檢舉。
上級行政機關或者有關部門對使用的非法單據予以收繳銷毀，對直接負責的主管人員和其他直接責任人員依法給予行政處分。