1、過敏反應
抗生素如青黴素、頭孢菌素或鏈黴素等藥物使用時可能出現過敏反應，表現為面潮紅腫、瘙癢、有的呼吸困難甚至出現休克等情況。抗生素過敏與藥物本身及患者的體質都有關系。因此在使用這些抗生素之前會對患者做皮試，若未出現過敏反應後才能使用這些抗生素。
2、毒性反應
抗生素本身或所含的雜質可能致使機體發生病變，出現毒性反應。主要會影響神經系統、消化系統、泌尿系統、血液系統或肝腎臟功能等。尤其是孕婦和嬰幼兒使用抗生素後出現毒性反應可能性增大。壹般來說，抗生素劑量、療程、不同制劑或給藥方式及身體狀況都可能影響毒性反應。
3、二重感染
二重感染是指發生於抗生素應該過程中的新的感染，又叫菌群交替癥。人體口腔、呼吸道或腸道中都有各種細菌、真菌成壹定比例存在，互相制約和競爭，保持微生態平衡。當大量使用抗生素後敏感進群被抑制，耐藥的菌群大量繁殖，打破了原來的平衡狀態，出現新的感染病情。二重感染可能導致消化道、肺部、尿路感染等。
4、細菌耐藥性
當長期大量使用抗生素後，會使機體中大部分敏感菌抑制，未被抑制的細菌就成為耐藥菌，耐藥菌繼續繁殖，當再次使用該種抗生素時，已經很難抑制耐藥菌，造成抗生素藥效差，甚至沒有治療效果。患者能選擇的抗生素種類就會減少。
5、怎樣減少抗生素副作用
濫用抗生素是抗生素產生副作用的主要原因。在使用抗生素時應該遵循以下幾點：
1.可用可不用時最好不用，能用壹種抗生素時不用多種，能用窄譜抗生素不用廣譜抗生素；
2.抗生素不能預防疾病，不能治愈所有炎癥，不能頻繁使用；
3.不能擅自使用抗生素，不能過量或劑量不足使用抗生素，不能頻繁更換抗生素。
6、使用抗生素註意事項
1、過敏體質慎用抗生素，對過敏的藥物禁用。
2、肝功能不全慎用大環內酯類、磺胺類和抗結核、真菌藥。後兩者長期使用時，應定期復查肝功能。頭孢菌素類劑量較大時也可損壞肝功能。
3、老、幼患者避免使用慶大黴素、鏈黴素、卡那黴素等腎毒性、耳毒性藥物。
4、磺胺類藥抑制甲狀腺功能，故甲狀腺功能低下者禁用。
5、中藥制劑雙黃連口服液、穿心蓮片、冬淩草片、金蓮花沖劑，草藥野菊花、金銀花、連翹、蒲公英、黃芩等，更適用於非化膿性上呼吸道感染，副作用較小。
6、無明確感染征象，應盡量避免使用抗生素，防止產生耐藥性(細菌對藥物的適應與抗藥)及雙重感染(敏感茵被殺滅後，不敏感菌因失去拮抗而感染機體)。
7、抗生素還存在抗菌譜問題，即主要對哪壹類、哪壹種病原微生物起作用。例如青黴素對肺炎球菌、鏈球菌、腦膜雙球菌、淋球菌、白喉桿菌、破傷風桿菌及敏感的葡萄球菌有抗菌作用，而對痢疾桿菌、大腸桿菌幾乎無效，這說明“壹藥難消百炎”。
8、青黴素在大劑量使用(每日超過2000萬單位)時，有時會出現幻覺、抽搐、昏睡、精神失常等癥狀;靜脈輸入的濃度為1—4萬單位/毫升，超濃度使用時，各種危險性增加;靜脈點
滴青黴素鉀鹽更應當註意濃度與速度，否則血鉀快速升高會引起心臟驟停。另外，壹般青黴素不在饑餓狀態下使用，否則會加重不良反應的程度或因低血糖而混淆不良反應，延誤搶救時機。
9、同類抗生素不要重用，但是有時不同抗生素聯合使用取協同作用，指征是：病因不明的嚴重感染;混合感染或單壹抗菌藥不能控制的感染(如牙周炎多為需氧茵與厭氧茵的混合感染);延長耐藥性產生(通俗地講就是不給病原微生物以喘息的機會)。
10、抗生素達到最大作用，壹般在用藥72小時之後，也就是說用藥3天後才達到最好療效，通常的用藥1～2天認為無效而隨意停用或更改藥物是不合理的。
7、抗生素的類型
（壹）β-內酰胺類青黴素類和頭孢菌素類的分子結構中含有β-內酰胺環。近年來又有較大發展，如硫酶素類、單內酰環類，β-內酰酶抑制劑、甲氧青黴素類等。
（二）氨基糖甙類包括鏈黴素、慶大黴素、卡那黴素、妥布黴素、丁胺卡那黴素、新黴素、核糖黴素、小諾黴素、阿斯黴素等。
（三）四環素類包括四環素、土黴素、金黴素及強力黴素等。
（四）氯黴素類包括氯黴素、甲碸黴素等。
（五）大環內脂類臨床常用的有紅黴素、白黴素、無味紅黴素、乙酰螺旋黴素、麥迪黴素、交沙黴素等。
（六）作用於G+細菌的其它抗生素，如林可黴素、氯林可黴素、萬古黴素、桿菌肽等。
（七）作用於G菌的其它抗生素，如多粘菌素、磷黴素、卷黴素、環絲氨酸、利福平等。
（八）抗真菌抗生素如灰黃黴素。
（九）抗腫瘤抗生素如絲裂黴素、放線菌素D、博萊黴素、阿黴素等。
（十）具有免疫抑制作用的抗生素如環孢黴素。