第壹集
百萬年前，在南極洲（還沒有被冰層覆蓋）坐落著古人的城市 Atlantis，可能是為了避開瘟疫的威脅，整個城市飛離了銀河系，到達了飛馬座（Pegasus）。後來 SG-1 找到了他們留下的前哨站，O'Neill 使用古人的武器摧毀了 Anubis 的艦隊（SG-1, 7.22, Lost City）。現在 Daniel 終於找到了第 8 個地址，利用前哨站的 ZPM 為星門提供能源（長途撥號消耗比較大），由 Dr.Elizabeth Weir 率領的由十多個國家的隊員組成的探險隊順利抵達了 Atlantis。
不幸的是，（如神話所說）他們發現整個城市沈沒在海底，靠壹個力場阻擋海水的入侵。同時獲悉，古人在飛馬座傳播了文明，也建立了星門網絡，但後來在毫無防備的情況下，遭受到了壹個強大且數量眾多的種族（Wraith，幽靈）的攻擊。大部分古人又撤回了地球（另壹部分學會了升天），然後他們把這個空蕩蕩的城市沈沒到了海底。
雖然沒有足夠的能源撥回地球，但是可以撥通飛馬座的其他星球。於是 Sumner 上校帶領 Sheppard 等人前往 Athos 星球希望能找到壹個可供撤離的安全基地，在那裏他們遇到了 Teyla Emmagan。Athos 人同樣在遭受幽靈的威脅，幽靈把他們當成“飼養場”，每過幾百年（等他們人口增加到壹定程度）就會來抓走壹些人。天亮之後 Sumner 上校在附近壹個廢棄的城市搜索，看是否能找到 ZPM，當地人從不走進這個城市，他們相信那樣會引來幽靈。
果不其然，天黑後（Athos 的白天很短暫）星門突然撥通，三艘幽靈戰機穿過星門，開始捕捉地面上的人（通過壹種類似光傳送的技術把人吸走），同時制造幻象迷惑並包圍 Sumner 等人。混戰中壹艘戰機被火箭筒打中，但是另外兩艘抓走了 Sumner 和 Teyla 並逃離了星門（遙控撥號，守在星門旁的 Ford 少尉記下了 DHD 上的號碼）。Sheppard 帶著其余的 Athos 人逃回 Atlantis（因為擅自行動被 Weir 訓了壹通），然而此時 Atlantis 的力場正在崩潰。
絕望之時，Atlantis 突然啟動了某種保護裝置，整個城市浮出了水面。
第二集
McKay 根據 Ford 記下的符號找出了幽靈所在的星球，發送過去的 MALP 顯示那裏的星門是懸浮在星球的軌道中的。隨後他們找到了古人留下的可以穿過星門的小型飛船“Jumper”（SG-1 也曾遇到過壹個，帶有時間機器的，用它回到古埃及弄到了 ZPM），Sheppard 的古人基因可以完全控制它（Jumper 能夠隱形，且擁有生命探測裝置，還有便攜式的 X_|||）。鑒於現在已經有了戰略優勢，Weir 同意 Sheppard 帶隊前往營救 Sumner 上校。通過生命探測儀 Sheppard 等人很快就找到了被關押的 Teyla 等人。
在幽靈的母艦（Hive）上，壹個女幽靈（Keeper，看守人）向 Sumner 上校展示了他們是如何通過吸食人類的生命來維持自己的方法。Sumner 拒絕說出地球的位置——那裏有幾十億的人，壹個豐富的食物場，她把手放在 Sumner 的胸口吸食他的生命，使他瞬間就變成了壹個老人。此時 Sheppard 循著慘叫聲趕來，Sumner 示意他結束自己的生命，Sheppard 開槍射穿了 Keeper 的手並打中了 Sumner。
然而 Keeper 的手很快就復原了，Sheppard 通知其他隊員引爆炸藥，混亂中抓起幽靈的武器（類似長矛的壹個圓筒）刺穿了 Keeper 的身體，但是 Keeper 臨死前喚醒了所有冬眠的幽靈。壹番驚險的戰鬥後（Jumper 上只剩下了壹個章魚蛋），眾人成功地返回了 Atlantis。
第三集
Dr. Carson Beckett 的研究表明古人使用基因作為裝置啟動密碼（ATA：古代技術激活），為了使成員具有使用古人技術的能力，需要修改基因序列（用鼠類逆轉錄病毒，副作用是口幹舌燥、頭暈、向輪子沖過去的沖動，呵呵）。McKay 是第壹個實驗者，他成功地激活了壹個古人個人防護罩，這個小東西可以保護他免受任何傷害（金鐘罩，從樓上摔下來都沒事）。不過沒想到的是，他自己的手也沒辦法伸進去把他取下來，吃飯喝水都成了問題。Carson 認為可以用意識把它取下來，但是 McKay 堅稱沒有作用，Weir 等人則認為是他不想取下來（炫耀、膽小、沒有安全感等），古人不可能造這麽壹個可能會危及自己生命的東西。
Sheppard 希望 Teyla 加入他們，不過 Weir 表示信任 Athos 人仍然需要時間。當天夜裏，兩個 Athos 小孩玩傳統的捉迷藏遊戲（這次是 Sheppard 抓幽靈）時，無意中發現了城裏的傳送機（立體電梯），被傳送到了壹個實驗室，放出了壹個黑乎乎的能量體。McKay 認為可能是古人研究升天的副產品，或者是被囚禁的某種東西。能量體不斷地從城裏吸取能量，變得越來越大，從人身上穿過去時，人的感覺就像是被電擊（人體的微弱能量也被吸收，可憐的 Ford 少尉）。
在實驗室他們發現了原來囚禁能量體的容器（裏面有個小能源，充當誘餌），McKay 建議關閉所有能源，再把它引進來。在決定誰留下來關上容器時，McKay 的防護罩脫落了（呵呵，怕把他留下來。“我就知道”，Weir 說）。然而能量體學聰明了，它並不上當。Teyla 認為既然能量體被關了那麽久，它可能是想通過星門離開（曾經試圖撥過壹次號）。於是控制臺撥通了壹個荒涼的星球（M4X-337），用 MALP 運送壹個 Naquadah 發電機以便把能量體引過去。意外的是 MALP 還沒有穿過星門，電池就被能量體吸光了，然後它繼續吸取星門的能量。McKay 鼓起勇氣，戴上防護罩，穿進能量體，把發電機扔過了星門，能量體跟了過去。McKay 的防護罩能量也被吸收幹凈，倒在了地上——不過沒事。
第四集
Jumper One（Sheppard、McKay、Teyla、Ford）偵查幽靈的星球時發現，當時看到的整個小山就是壹艘幽靈母艦，現在他們離開了那裏，準備去屠戮世界。然後他們遭遇到幽靈的伏擊，混亂中壹只外星蟲子緊緊地抓到了 Sheppard 的脖子上（Ford 少尉對著蟲子開槍都弄不死它，它跟幽靈壹樣，吸食了食物就會自動復原），穿過星門時，由於 Jumper 的發動機受損沒有及時收回，結果被卡住了。星門只能接受傳送和還原完整的東西，所以38分鐘後，飛船的前半段和裏面的駕駛員就會消失，後半段則被切斷，Sheppard 等人將被扔到太空。
壹方面 Weir 組織專家研究營救方案，另壹方面 Carson 醫生協助 Teyla 等人對付外星蟲子，Athos 人則張羅著為 Teyla 辦後事。壹個叫做 Kavanagh 的科學家認為飛船可能導致爆炸，要求關閉星門防護罩，被 Weir 訓了壹通，很不爽的樣子。由於蟲子有吸附生命體的特點，Carson 認為用電擊使 Sheppard 心跳停止，蟲子就會自己脫落；然後再次電擊使他恢復心跳；同時 McKay 也成功收回了發動機；因為 Jumper 穿過星門靠的是慣性，Ford 少尉留在後面，打開艙門，靠空氣的推力終於使 Jumper 穿過了星門（自己則短時間窒息，小夥子精神可嘉）。
第五集
Shepppard 等人剛出去幾小時就灰溜溜地被打回來了（McKay 中了壹槍，幸好幽靈的武器只是是麻痹神經，還要留著活人吸食生命，所以 McKay 只是暫時嘴巴不能動），這是他們第9次剛出任務就遭遇幽靈了，Weir 認為基地裏有內奸，Teyla 和 Athos 人成了懷疑對象，McKay 和 Sheppard 認為不可能，因為那樣的話幽靈會直接攻擊 Atlantis。Weir 開始逐個詢問 Athos 人，調查期間星門任務暫停。與此同時 McKay 發現城市的屋頂可以打開，Sheppard 和 Ford 駕駛著 Jumper 兜風時發現了陸地，Athos 人決定搬往陸地（省得天天又被限制又被懷疑），Teyla 則留下來加入 Sheppard 的小隊。
然而接下來的任務中他們還是遭遇了幽靈，現在 Teyla 成了唯壹的懷疑對象。McKay 發現她父親留給她的項鏈其實是幽靈用來檢測古人的壹個裝置，由於 Sheppard 具有古人基因，激活了該裝置（他在山洞裏發現了丟失的項鏈，撿起來交給了 Teyla），所以幽靈能獲知 Teyla 的位置，不過它的信號不是很強，所以 Atlantis 目前還未被發現。
Sheppard 決定將計就計，利用項鏈給幽靈設個陷阱。果然四個幽靈如期前來，兩個被打死，壹個啟動了自毀裝置，另壹個準備吸食 Teyla 的生命時被 Sheppard 打昏，他們活捉了壹個幽靈。
第六集
Sheppard 等人在偵查壹個星球時，Jumper 受到奇怪的電磁脈沖幹擾迫降到地面，然後他們被壹群拿著弓箭的十多歲的孩子包圍，要帶他們去見“長者”。這個所謂的“長者”，Keras，也只有24歲，他說500年前這裏是幽靈的食物場，他們的祖先相信幽靈只抓成年人，所以定下規矩，25歲之後必須自殺。他邀請 Sheppard 等人參加他的自殺儀式。
McKay 在附近的遺跡中發現了壹個古人裝置，這個裝置發出的電磁脈沖破壞了飛船，這才是幽靈不來這個星球的真正原因。更出乎意料的是，他在裝置裏發現了壹個 ZPM，決定把它帶回去檢測（這不是偷，只是拿來用。McKay 被 Weir 責備時語）。裝置這壹關掉，以前墜毀的幽靈飛船上的通訊器立刻就啟動，並引來了壹個探測儀。既然大家都反對 McKay 這種優越的自私行為，而且經檢測 ZPM 差不多已經耗盡，McKay 決定還是重新啟動古人裝置（電磁脈沖需要能量較少）。
同時 McKay 指出電磁場的保護區域有限，為了防止人口增長超出防禦能力，所以他們才有了這麽個自殺規定。現在 Keras 不用死了，不過 McKay 需要時間修正裝置，同時 Sheppard 等人則被困在不信任他們的居民之間。
那兩個不停問 McKay“為什麽”導致他快要瘋掉的小孩子真是可愛；對付小孩子的最佳方法是巧克力。
第七集
Hoff 這個國家在研究壹種可以免疫幽靈的藥品，Carson 醫生參與了該項目，對方是壹個漂亮的女醫生 Perna。曾經有壹個 Hoff 人擁有壹種特殊的蛋白質，可以抵抗幽靈釋放的藥物（幽靈吸食生命的原理大概是釋放壹種藥物，吸收和分解人類的抑制衰老的蛋白質。人類進入中年後，這種蛋白質開始減少，同時也就逐漸衰老），藥品的原型就來自這個人。Carson 利用原型和之前捕獲的幽靈（Sheppard 把他命名為 Steve）的血液制出了血清。
為了測試血清的實際效果，Hoff 方面有壹個得了絕癥的病人自願註射血清，然後讓 Steve “吃”。Carson 極為反感這種做法，同時 Weir 也不同意用犯人做實驗，Sheppard 說服了她，看起來幽靈的威脅已經在挑戰道德極限。Steve 垂涎欲滴的樣子實在是又可怕又滑稽，不過血清生效了，而稍候 Steve 也死於他註入人體的化學藥品和血清混合後生成的毒藥。這對 Hoff 人來說簡直是天大的好消息，他們世代被幽靈欺負，現在終於有免疫甚至可以報復的方法了。於是他們開始大批量生產血清，並給人民接種。 不幸的是，血清的副作用導致第壹批接種的人有壹半死去，包括做實驗的那個人和 Perna 醫生。然而 Hoff 的議會和 96% 的人民認為 50% 的成功率是可以接受的，因為這意味著終於可以打敗幽靈了。“不計任何代價獲取勝利”。
第八集
Teyla 介紹 Weir 和 Genii 的農民交易，用藥品換取糧食供給。他們的首領 Cowen 看到 Sheppard 用 C4 炸掉樹樁後（只是為了幫助居民墾荒，牛 X_|||），希望用糧食換取 C4 和藥品。Sheppard 請示了 Weir 之後返回 Genii 途中，McKay 接收到壹個奇怪的放射信號，跟蹤著信號找到了壹個地道，壹個地下的城市，然後遇到了全副武裝的 Cowen。
原來 Genii 人假扮農夫以躲過幽靈的監視（幽靈發覺他們足夠先進時就會趕來破壞），Cowen 打算殺掉他們，但是他們需要 C4——做原子彈的引爆器，Genii 正在做原子彈，用來對付幽靈。McKay 表示原子彈是小事壹樁，他可以提供更多的幫助。這麽壹眨眼間，他們從階下囚又變成了貴賓。
Genii 人曾經在壹個墜毀的幽靈戰機（Dart）上發現了壹個數據存儲裝置，並得到了壹艘還未醒來的幽靈母艦的星門地址。他們計劃潛入母艦，下載到其他飛船的位置信息後，用原子彈毀掉它。Sheppard 的小隊和 Cowen、Tyrus（Cowen 的助手）抵達目的地，在母艦中他們遇到了壹些被困在繭中的人，Tyrus 不允許 Teyla 救他們（不願意節外生枝），並且開槍打死了其中的壹人，結果招來了守衛，打倒了 Tyrus。Sheppard 等人成功下載到了數據。
返回後 Cowen 計劃扣下 Jumper，不過 Sheppard 早有提防（Cowen 問 Sheppard 有幾艘這樣的飛船時，他回答只有壹艘），他事先排其他兩艘 Jumper 隱藏在司令部的上空，粉碎了這個陰謀。下載的資料顯示，至少有60艘幽靈母艦，每個母艦都相當於壹個 Atlantis 的大小，現在只能希望他們不會很快就發起對 Atlantis 的攻擊。
第九集
M5S-224 星球彌漫著濃霧，但是 McKay 發現那些其實都是生命體或能量體，而且星門可以用空氣中吸取能量。這意味著修改壹下該星球的 DHD，就可以從這裏撥號回地球。問題是回去了地球，就沒辦法回來了（地球 ZPM 已經耗光了），不過 Asgard 已經修改了普羅米修斯（Prometheus）的引擎，有望壹個月就能抵達飛馬座。
Weil 壹行人興沖沖地回到了地球，卻發現壹切都不對勁（例如壹些死去的人居然還活著）。原來壹切都是能量體設計的幻象，他們要殺死所有試圖從該星球獲取能量的人（因為這些能量就是他們種族的人民）。Weir 保證說他們不會再回來，能量體相信了她的話，放他們回到了 Atlantis。
第十集
壹場“完美風暴”即將襲擊 Atlantis，Atlantis 的人員必須緊急撤離。Sheppard 請求 Manara 的首領 Smeadon 允許 Atlantis 暫時撤離到他們的星球，Smeadon 暗地裏卻通知了 Genii 的首領 Cowen（他們剛剛和 Atlantis 結下梁子）。Cowen 派遣指揮官 Kolya 集結了壹個突擊小隊準備襲擊 Atlantis。
McKay 和 Zelenka 計劃使用避雷針從雷電中吸取瞬間能量（弗蘭克林的夢想），啟動城市的防禦護盾，從而保護城市免受風暴的破壞，但這樣壹來，只能留下幾個人，其他人必須全部離開（整個城市都導電了）。與此同時，Teyla、Ford 和 Carson 在陸地組織 Athos 人撤離，最後壹批獵人回來的太晚，Jumper 無法安全返回，壹行人暫時被困在了那裏。
Kolya 在 Smeadon 的幫助下，抓住了壹個 Athos 人（喝酒誤事啊），脅迫他撥通星門並發送 IDC（身份驗證），Genii 突擊隊冒充受傷的 Athos 人闖入了 Atlantis，殺死了兩名守衛，並抓住了 Weir 和 McKay。此時 Sheppard 正在切斷城區的四個避雷針，通過無線廣播得知了 Weir 和 McKay 的遭遇，他搶先壹步藏起了 Kolya 想要的 C4。氣急敗壞的 Kolya 現在計劃要殺死 Weir 並占領整個 Atlantis。
第十壹集
McKay 警告 Kolya 要得到 Atlantis，必須留下他們兩個，Kolya 騙 Sheppard 說 Weir 已經死了，Sheppard 發誓要取他性命。此時留在陸地的 Teyla 等人進入了暴風眼（颶風的中心，陽光明媚、風平浪靜），Teyla 等人趁此機會，駕駛 Jumper 趕回 Atlantis 協助 Sheppard，Kolya 通知 Genii 要求增派援手。
Sheppard 並不知道 Weir 和 McKay 正在試圖切斷最後壹個避雷針以完成預期的計劃，他已下了同歸於盡的決心，在城內四處破壞。Genii 後援部隊正趕來時，他啟動了星門的防護罩，50 多個 Genii 士兵撞死在護罩上（砰砰砰……）。迫不得已，Kolya 只得告訴 Sheppard 他並沒有殺死 Weir，要求他恢復最後壹個接地站的電源，以便 McKay 修復它（之前 Sheppard 在關掉它時，被 Kolya 的人打壞了。可見冥冥之中皆有因果）。 在控制室，McKay 騙 Kolya 說他的計劃失敗，Atlantis 的護盾無法啟動，Kolya 準備帶著 Weir 和 McKay 逃離。Sheppard 沖了進來，開槍射中挾持 Weir 的 Kolya，他放開 Weir 後跌入了星門。此時 Tyrus 的女兒 Sora 正在和 Teyla 打得不可開交，她認為在上次偷取幽靈數據時是 Teyla 故意扔下了她的父親，最後被 Teyla 拿下。
眼見壹個滔天巨浪就要吞沒 Atlantis 之時，護盾啟動了。
第十二集
Jumper-1（暫用這個代號代替 Sheppard 等人）在壹次飛行訓練中，發現了壹顆攜帶古人武器的人造衛星（大小如同壹個 Goa'uld 母艦），可惜衛星已經報廢。他們同時發現了壹艘墜毀的幽靈飛船，猜測它可能是在壹萬年前進攻 Atlantis 時被古人衛星摧毀的。在下面的星球上，他們發現了許多像螢火蟲壹樣的“space bug，太空蟲子”（Sheppard 這個家夥有命名的嗜好），這些蟲子有強烈的生命信號，對他們攜帶的食品（巧克力？）很感興趣。
Sheppard 等人發現墜毀的飛船是壹艘幽靈的供給船，船上留著大量的繭，並且找到了壹個被同類吸食掉生命的幽靈屍體。隨後隨行的兩個科學家被剩下的壹個幽靈所害（這些東西生命力很強，而且還會冬眠），Sheppard 先用 P90 打，後用手榴彈轟，最後還拿小刀捅，不過他總是能很快就恢復。壹籌莫展之時，Ford 帶著救援小隊趕來，Sheppard 往幽靈身上粘了塊巧克力，引來大批蟲子圍著他，同時命令 Ford 向生命信號最強的位置開火。幽靈被炸成了碎片。
第十三集
科學家們在搜索 Atlantis 城區的時候，在壹個病毒實驗室發現了壹些破碎的容器，然後隊員們相繼開始出現鬼魂的幻覺，6個小時後導致腦動脈破裂而死。壹個病人由於過度的驚嚇在城區四處亂竄，Atlantis 全面戒嚴。
然而6個小時過去後，McKay 卻並沒有死亡，原來是他體內的古人基因保護了他（他第壹個接受了基因改造），在顯微鏡下，Carson 發現它是壹種專門用於殺死普通的人類的納米病毒（納米機器）。但是現在只有 48% 的人有條件接受基因治療，所以更有效的辦法是制造壹個強電磁脈沖（EMP），消滅所有的納米機器。於是 Sheppard 帶著壹個 Naquadah 發電機飛到城市上空 20 英裏處引爆，爆炸產生的 EMP 消滅了病毒。
既然幽靈需要吸食人類的生命維持自己，所以病毒不會是他們弄的，那麽到底是誰制造了這種可怕的東西？
第十四集
Jumper-1 被壹群幽靈戰機追趕，突然下面的星球上發出壹束亮光，亮光摧毀了幽靈戰機，Jumper 卻安然無恙。McKay 認為只有 ZPM 才能為這樣強大的武器提供能源，建議下去調查壹下。壹個叫做 Zarah 的修道士代表 Proculus 人歡迎了他們，他們從未遇到過幽靈，Athar 神壹直在保護他們。McKay 認為有壹個他們不知道的古人武器在保護這個星球，不過這裏倒是 Atlantis 的最佳避難所。Zarah 帶他們去見女祭司 Chaya 以征求神的意誌，Chaya 很遺憾地說 Athar 神不能讓非子民在此居住，不過她很希望去參觀壹下神奇的 Atlantis。
Carson 檢查了 Chaya 的身體狀況，發現她的健康狀況非常完美，完美到沒有任何缺陷。同時她還無意中激活了新近發現的壹個古人裝置，說明她可能有古人基因，或者說該裝置是用於檢測城中的外星（外族）人的。這些引起了大家的警覺，McKay 勸告 Sheppard 不要“打 Chaya 的主意”，不過 Sheppard 卻已經和 Chaya 成了親密的朋友。
Chaya 承認她是壹個古人，來 Atlantis 的原因是因為被 Sheppard 所吸引（X_|||），現在幽靈即將襲擊 Proculus，她必須回去救他們，然後變成能量團穿過了星門。Sheppard 駕駛 Jumper 趕去協助 Chaya，不過她輕易地就消滅了幽靈。原來她因為違反升天規則幫助了 Proculus 人，被罰永遠留在那裏保護 Proculus 人——但是不能幫助其他人，所以不能為 Atlantis 提供避難所。
第十五集
Sheppard、Teyla、Ford 等人搜索城區時發現了壹個冷凍著的老人（和 O'Neill 當年冷凍自己壹樣的裝置），根據資料記載，她已被冰凍了將近壹萬年，Carson 將其解凍後，她居然認識所有的隊員，並聲稱她自己是 Dr.Elizabeth Weir。她帶領探險隊抵達 Atlantis 時，找到了壹個時間旅行裝置，通過它找到了原來居住在 Atlantis 的古人。在她的時空中，Atlantis 的能量被耗光後並沒有浮起來，而是被海水淹沒，只有她和 Sheppard、Zelenaka 躲在壹個 Jumper 內得以幸存（我竟然死了，McKay 壹臉不情願），然後 Jumper 被幽靈摧毀，只有她通過 Jumper 上的時間機器找到了壹萬年前 Atlantis 的古人。
此時的古人正在忙著撤回地球，Weir 遇到了時間機器的制造者 Janus，他試圖說服議會同意讓她帶壹個 ZPM 返回未來救 Atlantis。遭到拒絕後（議會向來反對時間旅行），Janus 想了個辦法：他將 Weir 冷凍在 Atlantis，用程序每隔幾千年自動喚醒她壹次，然後她可以輪流使用三個 ZPM 為 Atlantis 提供能源，這樣或許可以支撐的更久。另外他特別設計了故障保護程序，壹旦力場被毀，城市將自動浮出水面。
Janus 的設計最終拯救了 Atlantis 探險隊，老 Weir 同時告訴了他們 5 個前哨站的星門地址，每個前哨站都有壹個 ZPM——這是 Janus 留給他們的禮物。