指導思想是從保證人民用藥安全有效和提高藥品監督管理水平出發。結合國情，建立科學、合理的藥品分類管理體系，在制定法規和政策時，將先原則、後具體、先綜合、後分類，實施工作要在充分調查研究的基礎上，既要積極，又要做細，按照分步實施，逐步到位的方式進行。
目標是爭取從2000年開始，初步建立起符合社會主義市場經濟體制要求的處方藥與非處方藥分類管理制度和與之相適應的新的藥品監督管理法規體系，再經過若幹年，建立起壹個比較完善、具有中國特色的分類管理制度。
基本原則是根據我國社會和經濟發展的實際，采取“積極穩妥、分步實施、註重實效、不斷完善”的方針，保證社會安定和秩序；加強處方藥監督管理，規範非處方藥監督管理，確保人民用藥安全有效。
二、實施藥品分類管理的目的
實施藥品分類管理的目的是：加強處方藥的監管，規範非處方藥的監管，改變現有的藥品自由銷售狀況，保障人民用藥安全有效。從藥品監督管理出發，此舉是符合我國現階段社會和經濟發展的實際需要，也是保障人民用藥安全有效的監管措施之壹，通過制定相應的法律法規，逐步遏制過去不合理的行為，引導廣大消費者正確合理使用藥品；從廣大消費者對日益增長的醫療保健需求出發，通過實施藥品分類管理，使人民群眾正確認識這項制度的重要性和必要性，充分體現到這是黨中央、國務院對人民群眾健康保護和提高人民群眾自我保健水平的正確決策。
三、我國實施藥品分類管理制度勢在必行
目前，我國社會零售藥店銷售藥品時，除對毒、麻、精、放和戒毒藥品實行特殊限制外，其他藥品基本上處於自由銷售狀態。這種狀況必將帶來消費群體的藥品濫用，危及人們的健康和生命，同時，由於消費者用藥不當導致產生機體耐受性或耐藥性，使用藥劑量越來越大，造成藥品資源浪費的同時，更嚴重的後果將直接影響我國的人口素質。
我國藥品不良反應監測中心統計了近幾年26家醫院717份藥品不良反應報告，結果表明：抗感染類（以抗生素為主）的藥品不良反應構成比例最高，占發病總數41.28%；在引起不良反應的全部47種藥品中，以目前已公布的《國家非處方藥目錄》劃分，處方藥為42種，占89.4%，非處方藥為5種，占10.6%，處方藥的不良反應遠遠高於非處方藥。這些統計報告是醫院用藥中發現的不良反應，而且是在醫藥專業人員指導下使用的。可以設想，在沒有醫藥專業人員監督指導下，消費者自行使用這些藥品後果的嚴重性。
隨著人民物質、文化、生活水平的日益提高，人民群眾的醫療保健觀念將由“健康由國家負責”向“個人健康、自我負責”轉變，消費者將註意力和消費轉向對自我保健的投入。從加強藥品監督管理的核心出發，為確保人民用藥安全有效，建立並實施藥品分類管理制度勢在必行。
四、實施藥品分類管理將推進我國醫藥衛生事業的發展
黨中央、國務院從我國社會和經濟發展的實際出發，作出國家建立並完善處方藥與非處方藥分類管理制度的決定。這項決定，是適應我國社會主義市場經濟體制發展和深化改革，加快醫藥衛生事業健康發展，完善藥品監督管理體制，保障人民用藥安全有效的實際需要；是推動醫療衛生改革、醫療保險制度改革，增強人們自我保健、自我藥療意識，降低國家和個人醫藥費用支出，滿足人們在不同層次上對醫療保健消費需求的客觀要求；是充分發揮和合理利用社會醫療衛生資源與藥品資源，實現我國“人人享有初級衛生保健”總體目標的重要保證；是加快我國醫藥工業調整產品結構，提高藥品質量，促進醫藥產業和擴大藥品市場發展與繁榮的良好機遇。
五、在我國實施藥品分類管理要穩步推進