無論是藥物化學還是藥學的其他學科，研究的對象都是藥物，而壹種藥物從發現到臨床應用，壹般要經歷以下幾個階段：候選藥物的發現與發明、藥理篩選、藥效學評價、安全性評價、工藝研究、制劑研究、質量控制、臨床研究。每個階段都有自己的研究內容，有相對獨立的概念、理論體系、技術和方法。可見，藥劑學有許多二級學科（分支學科），它們在藥物研究中的基本功能大致可分為：
①發現和設計合成化合物進行藥理研究，相關學科有藥物化學（包括天然藥物化學和合成藥物化學）、微生物藥學等；
②評價藥物對疾病的治療價值，相關學科有藥理學、毒理學、藥代動力學和臨床研究等。
③解決藥物在臨床中的應用和生產問題，相關學科有藥理學、制藥工藝學和藥物分析。
可見，在發現和研究藥物的各個階段，藥物化學都處於學科的上遊階段，有人將藥物化學譽為藥學電的龍頭學科。
那麽詳細來說，藥物化學的內容主要有以下壹些方面：
①為已知化學藥物的合理使用提供理論依據和技術幫助。研究藥物的理化性質、藥物的化學結構修飾、藥物的劑型選擇、藥物的分析檢驗以及正確使用藥物及其貯藏保存的化學基礎；
②為化學藥物的生產提供先進、經濟的方法和工藝。尋找或優化藥物的合成路線或工藝條件，改進藥物的合成設計和生產工藝，不斷推出藥物合成的新技術、新方法、新原料、新工藝；
③創造新藥，探索開發新藥的途徑和方法。綜合運用化學、生物學等學科的理論和知識，研究化學結構與生物活性的關系，創制療效好、毒副作用小的新藥，探索設計新藥的途徑和方法，是藥物化學的又壹重要內容。
藥物化學是藥學領域的壹門重要學科，有其獨特的專業內涵，同時也是藥劑學、藥物分析、藥理學、制藥技術乃至藥事管理等專業的基礎學科。
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