牙周炎在基礎治療的同時，可配合應用藥物輔助治療。主要藥物有：
1，止痛藥：疼痛的患者可口服止痛藥，如對乙酰氨基酚、布洛芬等。
2，抗生素：牙周炎壹般不需采用抗生素，對壹些病情比較嚴重的患者或對常規治療反應不佳者可輔以抗生素，根據病原學檢查和藥物敏感試驗選用相應的抗生素。常用的有替硝唑、阿莫西林等，口服用藥。牙根面平整後，可在深牙周袋內放置緩釋的甲硝唑、米諾環素。
牙周炎是壹種慢性進行性的疾病，其危害比較大，可以使人的牙齒出現大面積的松動、脫落，所以患者如果患有牙周炎，建議盡早的去正規醫院進行診治，不建議隨意的服用藥物，避免延誤病情。牙周炎應該先進行基礎治療，如進行潔治術、齦下刮治術和根面平整，以消除牙齦上和牙齦下菌斑、牙石，平整根面，保持口腔清潔衛生等等。醫生通過微生物檢查，明確牙齦下菌斑中的優勢菌後，會針對性的給予抗生素。如果牙周炎比較嚴重，可能會進行牙周手術治療，如行牙周翻瓣手術、植骨手術、拔除無保留價值或預後極差的牙等。若有全身性疾病，如糖尿病、心血管疾病、甲狀腺疾病等，應控制好基礎疾病。牙周炎患者平時應增加營養，補充各種維生素和增強體質。吸煙與牙周炎的發病相關，故牙周炎患者建議戒煙。
相關藥品
對乙酰氨基酚註射液：適用於發熱，緩解頭痛、牙痛、神經痛等。
布洛芬幹混懸劑：用於緩解輕中度疼痛如頭痛、關節痛、牙痛。
替硝唑片：硝基咪唑類抗生素，用於厭氧菌感染的治療。
阿莫西林：用於溶血鏈球菌、葡萄球菌感染的治療。
甲硝唑片：廣泛用於厭氧菌感染的治療。
鹽酸米諾環素膠囊：四環素類抗生素，用於葡萄球菌等的感染。