但是在實際操作中常會遇到如下情況：
樣品檢測結果出現了異常，進行了檢測流程方面的排查並沒有出現偏差，結果顯示樣品在取樣時就已受到汙染。
對於以上問題，需要從規範取樣操作開始。
同時由於不同類型的樣品，采取取樣操作也不相同，為了保證取樣的科學性。應針對不同樣品進行不同的取樣操作，以下將進行不同樣品取樣操作的分類闡述。
01 液體樣品
壹般情況下，液體樣品比較容易獲得代表性樣品。液態食品壹般盛放在大罐中，取樣時可連續或間歇攪拌。對於較小的容器，可在取樣前將液體上下顛倒，使其完全混勻。
取得的樣品應放在已滅菌的容器中送往實驗室，實驗室在取樣檢測之前應當把液體再徹底混勻壹次。
02 固體樣品
根據所取樣品材料的不同，所使用的的工具也不同。固態樣品常用的取樣工具有解剖刀、勺子、軟木鉆、鋸、鉗子等，使用前均須滅菌。
例如面粉或奶粉等已經混勻的食品，其成分質量均勻穩定，可以抽取少量樣品檢測。但散裝樣品就必須從多個點取樣，且每個點都要單獨處理，在檢測前要徹底混勻。
肉類、魚類或類似食品既要在表皮取樣，又要在深層取樣，深層取樣時要小心不要被表面汙染。
有些食品，如新鮮肉類或熟肉可用滅菌的解剖刀和鉗子取樣；
冷凍食品在不解凍的狀態下用鋸、木鉆或電鉆，壹般斜角鉆入來獲得深層樣品；
粉末狀樣品取樣時，可用滅菌的取樣器斜角插入箱底，樣品填滿取樣器後提出箱外，再用滅菌勺從取樣器的上、中、下部位采樣。
03 水樣
取水樣時，最好選用帶有防塵磨口瓶塞的廣口瓶。對於氯氣處理過的水，取樣後在100mL水樣中加入0.1mL的2%的硫代硫酸鈉溶液。
取樣時應特別註意防止樣品的汙染，樣品應完全地充滿取樣瓶。如果樣品時從水龍頭上取得，龍頭嘴的裏外都應擦幹凈。
打開水龍頭讓水流幾分鐘，關上水龍頭並用酒精燈灼燒，再次打開水龍頭讓水流1-2min後再接樣並裝滿取樣瓶。
這樣的取樣方法能確保供供水系統的細菌學分析的質量，但如果檢測的目的是用於追蹤微生物的汙染源建議還應在水龍頭滅菌前取樣會在龍頭的裏外用棉拭子塗抹取樣，以檢測水龍頭自身汙染的可能性。
從水庫、池塘、井水、河流等取水樣時，用無菌的器械或工具拿取瓶子和打開瓶塞，在流動水中取樣品是瓶嘴應直接對著水流。
大多數國家的官方取樣程序中已明確規定了取樣所用器械，如果不具備適當的取樣儀器或臨時取樣工具，只能用手操作，但取樣時，應特別小心，防止用手接觸水樣或取樣瓶內部。
04 帶包裝食品
直接食用的小包裝食品盡可能取原包裝，直到檢測前不要開封防止汙染；
桶裝或者大容器包裝的液體或固體食品應用無菌取樣器由幾個不同部位采取，壹起放入壹個滅菌容器內，不要過度潮濕，以防食品中固有的細菌繁殖；
對於桶裝或大容量包裝的冷凍食品，應從幾個不同的部位用滅菌工具抽樣，使之有充分的代表性，將樣品送達實驗室前，要始終保持樣品處於冷凍狀態。若樣品壹旦融化，不可使其再冷凍，保持冷卻即可。
05 表面采樣
通過惰性載體可以將表面樣品上的微生物轉移到合適的培養基中進行微生物檢測，這陣惰性載體既不能引起微生物的死亡，也不應使其增殖。這樣的載體包括清水、拭子等。
要達到微生物既不死亡又不增殖很困難，因此取樣後應當盡快進行檢測。表面取樣技術只能直接轉移菌體，不能做系列稀釋，只有在菌體數量較少的時候適用，其最大的優點是取樣過程不破壞樣品。
常用的表面取樣技術包括棉拭子、淋洗法、膠帶法等，這裏以棉拭子法為例。
定性檢測時，只要塗抹全部需要檢測的表面即可。而進行的定量檢測時，必須先用滅菌取樣框確定被測試的區域。用幹燥的棉花纏在4cm長，直徑1-1.5mm的木棒或不銹鋼棒上做成棉拭子（為了方便也可使用壹次性棉簽），放進合金試管中，蓋上蓋子後滅菌。
取樣時先將拭子在稀釋液中浸濕，然後再待測樣品表面緩慢旋轉拭子平行用力塗抹兩次。塗抹過程中應保證拭子在取樣框內。取樣後拭子重新裝回有10mL取樣溶液的試管中。
以上是相關樣品進行無菌抽樣時的相關操作流程及註意事項。無菌取樣的意義重大，無菌取樣的規範性是保證樣品檢測準確性的前提。
因此我們更應該在取樣時應規範操作，確保從源頭杜絕汙染。