(1)辦公室。
負責信息、會議、機密信息和文件等日常工作；起草綜合文件；承擔政府信息、宣傳、保密、信訪、安全等綜合管理工作；辦理全區商務代表團出國和邀請外商來訪的審批。
(2)政策法規司。
研究商務領域發展趨勢，圍繞對外開放、區域和次區域合作、內貿流通等商務工作中的重點、熱點、難點問題提出政策建議；負責自治區內外貿易發展規劃的編制和實施；組織實施反傾銷、反補貼和保障措施以及與進出口公平貿易有關的工作；協調商業領域反壟斷調查，組織企業進行反壟斷投訴；組織產業損害調查和維護產業安全的相關工作；履行中國在世界貿易組織中關於貿易和投資的政策審議、通知和磋商義務；負責機關依法行政。
(3)市場秩序劃分。
帶頭協調整頓和規範市場經濟秩序；推進商務領域信用體系建設，引導商業信用銷售，建立市場誠信服務平臺，推進商務綜合行政執法；負責研究制定醫藥流通行業發展規劃、行業標準和相關政策，配合國家基本藥物制度實施，提高行業組織化和現代化程度，逐步建立醫藥流通行業統計體系，推進行業信用體系建設，指導行業協會實施行業自律，開展行業培訓，加強國際合作與交流；參與組織打擊商業領域知識產權侵權和商業欺詐的專項整治工作；承擔畜禽屠宰行業管理。
(4)市場體系建設部。
組織起草地方性法規和市場體系實施細則；促進流通標準化；牽頭組織和規範零售企業的促銷行為；研究提出引導區內外資金投入市場體系建設的政策；指導大宗商品批發市場和城市網絡規劃、商業體系建設和內外貿壹體化的區域性商貿物流基地建設；推進農村市場和農產品流通體系建設；根據有關規定對拍賣、典當、租賃、汽車流通和舊貨流通行業進行監督管理；指導報廢汽車管理和老舊汽車更新工作。
(5)商業服務管理辦公室。
承擔全區商貿服務業(含餐飲業、住宿業)的行業管理；按照有關規定對成品油流通進行監督管理；指導流通企業的改革和發展，提出促進中小商業企業發展的政策建議；指導社區商業發展、流通領域節能降耗和再生資源回收利用；負責全區商貿流通服務業的安全管理，制定並組織實施商貿流通服務業企業事故防範措施和安全生產檢查。
(6)市場運行調節辦公室。
監測分析市場運行、商品供求，調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導；承擔建立和完善生活必需品市場供應應急管理機制的相關工作；負責重要消費品儲備(肉、糖和部分生活必需品等)的管理和市場調節。);承擔酒類流通管理工作。
(7)外貿辦公室。
擬定全區對外貿易(包括加工貿易和邊境貿易)發展戰略、計劃並組織實施；負責國家下達我區的重要工業品、原材料和重要農產品(糧食、棉花除外)進出口總量計劃的組織實施；負責進出口商品配額和關稅配額的申報和實施；負責監督商品、兩用物項和技術進出口許可證管理，依法辦理加工貿易批準證書；組織、管理和指導國內外相關商品交易會；協調和指導對外貿易促進體系建設；監測和分析全區外貿運行情況，研究外貿運行和結構調整中的重大問題，提出相關措施和建議；外貿進出口統計分析和信息發布；指導和監督外貿和出口加工企業的安全生產管理。
(8)機電工業廳、科技工業廳(自治區機電產品進出口辦公室)。
擬定全區機電產品和高新技術產品進出口發展規劃和年度計劃並組織實施；負責全區進口機電產品的國際招標管理；負責全區(北海除外)機電產品進出口管理工作；負責全區技術貿易管理工作；承辦機電產品和高新技術產品進出口及服務貿易促進工作。
(9)外商投資管理辦公室。
協助有關部門制定全區外商投資政策和投資促進戰略；會同有關部門研究提出全區外商投資產業目錄；指導和協調全區外商投資工作；依法監督檢查外商投資企業執行法律法規的情況，協調解決相關問題，負責外商投資企業設立和變更的監督管理；指導全區投資促進和服務體系建設，促進我區投資便利化和服務外包發展；牽頭開展外商投資企業聯合年檢；指導國家級、自治區級和本地區各類經濟技術開發區的相關工作。
(10)對外經濟合作辦公室。
制定和實施全區對外投資、對外承包工程和勞務合作發展規劃；負責制定全區促進對外投資、承包工程和勞務合作發展的政策措施並組織實施；負責境外投資(金融除外)、對外承包工程、勞務合作、接受國際無償援助和對外援助的管理，制定業務管理辦法；制定全區公民出國就業管理政策；承擔境外勞務人員和境外雇員權益保護的相關工作；負責援外項目的檢查和援外項目的實施；指導和協調境外經貿合作區和農業技術示範中心的相關工作。
(十壹)港澳臺日韓合作辦公室。
研究提出合作的思路、對策、計劃、措施和工作建議並組織實施；會同有關部門承擔和推動《內地與香港、澳門特別行政區關於建立更緊密經貿關系的安排》並組織實施；協助處理對臺經貿工作中的重要問題，擴大對臺經貿合作；為有關部門、商協會及港澳臺日企業在廣西及廣西企業赴港澳臺日開展各類投資貿易活動提供指導和幫助。
(12)東盟合作辦公室。
擬訂並組織實施對越南、老撾、緬甸、柬埔寨、泰國等東盟國家的經貿合作發展戰略、規劃和政策；研究制定推進大湄公河次區域合作和南寧-新加坡走廊經濟帶建設的機制和措施，以及邊境經濟合作區發展規劃和工作計劃，指導和協調全區邊境經濟合作區相關工作。
(十三)東盟合作二司。
制定並組織實施文萊、印度尼西亞、馬來西亞、菲律賓、新加坡等東盟國家經貿合作發展戰略、規劃和政策；組織建立自治區與上述國家相應機構的經貿合作機制；組織實施泛北部灣經濟合作；引導和服務企業與上述國家開展貿易、投資等合作。
(14)商務信息辦公室。
制定自治區貿易領域信息化發展規劃，運用電子商務開拓國內外市場並組織實施；在商務領域執行電子商務的相關標準和規則；建立和完善自治區商務信息公共服務體系；承擔電子政務和政府網站的管理工作；組織建設進出口預警、市場運行和商品供求監測系統。
(十五)商業行政審批辦公室。
擬訂自治區級各類經營行政許可的審批制度和具體辦法；承擔商事行政項目審批和審批標準化工作，負責相關審批工作的協調、督促和監督。
(十六)口岸辦公室(自治區口岸辦)。
擬定全區港口發展規劃並協調組織實施；指導全區港口建設；負責口岸設立、撤銷、重新開放和恢復經營的初審和上報，邊境貿易區(點)設立、撤銷和非口岸地區臨時開放的審核和上報；負責協調和管理車輛通過香港、澳門和跨國陸路運輸；負責自治區口岸“大通關”的組織協調工作；協調整個區域港口各單位之間的工作。
(十七)打擊走私綜合治理辦公室。
負責自治區打擊走私的組織、協調、指導和監督工作；制定自治區反走私綜合措施並組織實施；研究自治區反走私形勢，掌握走私和反走私動態；組織協調有關市執法和緝私部門查處重大走私案件。
(18)財務部。
制定中央下達和自治區安排的內外貿發展專項資金的使用計劃，並進行監督管理；統籌管理各項業務的行政經費和專項經費；編制機關及其直屬事業單位的預算、決算；負責直屬單位負責人的資產管理、內部審計監督和經濟責任審計。
(19)人事部。
承擔機關及直屬事業單位的機構編制、人事勞動、隊伍建設、教育培訓工作；辦公室負責出國人員的政審和出國幹部的管理；組織協調政務公開、績效考核和安全生產工作；指導計劃生育工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群工作。
離退休人員辦公室負責機關離退休人員工作，指導直屬單位離退休人員工作。