根據工作職責，省衛生廳設 17個內設機構： （壹）辦公室（政策法規處）
負責文電、會務、機要、檔案、保密等機關日常運轉工作；承擔政務公開、新聞發布、來信來訪、安全保衛、衛生統計、信息化建設等工作；起草地方性法規、規章草案以及相關政策和標準；承擔機關有關規範性文件的合法性審核以及行政復議、行政應訴工作。
負責人：主任（戚興鋒），副主任（顧幫朝（正處職，援疆），王榮申，石健峰）
（二）規劃財務處（審計處）
擬訂衛生事業中長期發展規劃，統籌規劃與協調全省衛生資源配置，管理大型醫用裝備配置；編制衛生事業經費預決算；提出醫療服務價格、藥品價格等政策建議；擬訂藥品和醫療器械采購相關規範；負責機關和直屬單位的規劃建設、財務資產的監督管理以及內部審計工作。
負責人：處長（沈敏華），副處長（陶宏濱，吳天）
（三）衛生應急辦公室（突發公***衛生事件應急指揮中心）
擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
負責人：主任（袁家牛）
（四）疾病預防控制處（省血吸蟲病地方病防治領導小組辦公室）
擬訂重大疾病的防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；組織實施重大公***衛生服務項目；承擔省政府血吸蟲病地方病防治領導小組和省政府艾滋病防治工作委員會的具體工作。
負責人：處長（吳紅輝），副處長（葛均）
（五）農村衛生管理處（省新型農村合作醫療管理辦公室）
承擔農村基本衛生保健和新型農村合作醫療的綜合管理，擬訂有關政策、規劃並組織實施；指導農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實。
負責人：處長（姜侖），副處長（任曉波）
（六）社區衛生與婦幼保健處
擬訂社區衛生與婦幼衛生的政策、規劃並組織實施；負責制定社區衛生與婦幼保健的機構建設以及技術服務規範、專項技術標準並組織實施；對社區衛生與婦幼保健實施監督管理；牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作；負責牽頭促進基本公***衛生服務均等化。
負責人：處長（沈誌洪），副處長（王曉芳） （七）醫政處（醫療服務監管處）
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準並組織實施；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；承擔醫療機構醫療服務監管工作，建立醫療質量安全控制評價體系；承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
負責人：處長（張金宏），副處長（朱春燕）
（八）食品安全綜合協調處
貫徹落實省政府關於食品安全工作方針政策；組織擬訂全省食品安全工作規劃，並協調推進實施；負責食品安全綜合協調工作；推動食品安全應急體系和能力建設，組織擬訂全省食品安全事故應急預案，組織查處食品安全重大事故；發布重大食品安全信息；具體組織實施食品安全專項整治；協調督促食品安全相關部門落實食品安全整頓各項任務；負責檢查省政府有關部門和地方政府履行食品安全監管職責；承擔省食品安全委員會的日常工作，承辦國務院食品安全委員會辦公室交辦的事項。
負責人：處長（朱岷），副處長（龔自力）
（九）食品安全與衛生監督處
督促檢查食品安全法律法規和省食品安全委員會決定部署的貫徹執行情況；組織擬訂食品安全地方標準，負責食品安全企業標準備案工作；組織實施全省食品安全風險監測、預警工作；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責放射衛生、環境衛生、學校衛生、職業衛生和消毒衛生的監督管理；負責公***場所、飲用水等的衛生監督管理；負責開展傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件；承辦衛生部交辦的食品安全與衛生監督等任務。
負責人：副處長（唐月明）
（十）藥物政策與基本藥物制度處
組織實施藥品法典和國家基本藥物制度；擬訂基本藥物和增補藥物的遴選、采購、配送、使用的政策措施；會同有關部門提出基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策；提出基本藥物價格政策的建議。
負責人：處長（趙淮躍）
（十壹）中醫綜合業務處
擬訂中醫藥事業發展規劃、計劃並組織實施；編制中醫藥事業經費預決算，管理全省中醫藥專項資金；指導全省中醫藥基本建設，負責直屬中醫藥單位規劃建設、財務資產的監督管理工作。
負責人：副處長（陳燕） （十二）中醫醫政科教處
擬訂中醫藥防治重大疾病規劃，組織實施中醫藥管理規範和技術標準；指導各類中醫、中西醫結合醫療機構的中醫藥工作；擬訂並實施中醫、中藥、中西醫結合科研規劃，組織實施中醫藥重大科研項目；組織開展中醫藥師承教育、畢業後教育、繼續教育和相關人才培訓工作。
負責人：處長（孫誌廣）
（十三）科技教育處
擬訂重點醫學科技、教育發展規劃，組織實施重點醫藥科研攻關項目，指導醫學科技成果的推廣和科普工作；組織實施省級醫學重點學科專業建設和人才戰略工作；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織實施衛生專業技術人才崗位培訓工作；組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
負責人：處長（孫寧生）
（十四）國際合作處
開展醫療衛生方面的國際合作與交流；承擔衛生援外有關工作；承辦機關和直屬單位因公出國、出境工作。
負責人：處長（石誌宇），副處長（李郁）
（十五）幹部保健局
負責省幹部保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作；承擔重要會議與重大活動的醫療保健工作，負責國家領導、重要外賓的醫療安排；承擔省幹部保健委員會的具體工作。
負責人：局長（蘭青），副局長（韓紅玉）（正處職）
（十六）省愛國衛生運動委員會辦公室
承擔省愛國衛生運動委員會的具體工作，統籌協調各成員單位工作職責的落實；組織開展創建衛生城市和農村改廁工作；負責開展群眾性衛生監督管理和衛生檢查工作；擬訂健康教育規劃，負責健康教育管理工作；組織開展除害防病工作。
負責人：副主任（陳曉進）
（十七）人事處
擬訂衛生人才隊伍發展規劃和政策並指導實施；負責機關和直屬單位的機構編制、幹部人事、教育培訓、勞動工資等工作；會同有關部門制訂衛生專業技術人員資格標準並組織實施。
負責人：處長（管皎），副處長（劉益兵）
機關黨委 負責機關和直屬單位的黨群工作。
負責人：副書記（邢書博）（正處職），副書記（束壹平）
離退休幹部處 負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
負責人：處長（徐國林），副處長（葛寧海）
紀檢監察室
負責人：主任（李毅）