根據上述職責，市衛生局設6個職能科室：
(壹)辦公室
協助局領導組織綜合性政策調研，綜合協調機關政務工作，制訂機關工作制度。協助局領導協調、督促各科室業務工作。負責會議組織、文電處理、秘書事務、機要保密、檔案管理、新聞宣傳、信息、信訪工作。負責衛生行政復議和對衛生執法的監督。
研究制定全市衛生人才發展規劃，會同有關部門制訂全市衛生機構編制標準、衛生技術人員崗位設置方案和任職資格標準。指導全市衛生技術人員職務評聘、衛生專業技術隊伍的管理工作。負責局機關及局直屬單位勞動工資、幹部考核任用、人員調配、退離休老幹部管理、市直醫療衛生單位人事檔案管理等人事工作。負責全市衛生系統表彰、因公致殘等級的評定工作。
(二)財務審計科
編制全市衛生事業發展規劃，貫徹衛生經濟政策，並檢查督促執行。統籌規劃和協調全市衛生資源的配置。負責市級衛生單位基本建設和局直屬單位國有資產及全市衛生專項投資的監督管理。會同有關部門提出衛生服務價格建議，擬定衛生財務管理規章並監督實施，負責市直醫療衛生單位財務審計工作。負責衛生統計、機關財務、國有資產管理工作。
(三)藥政科(掛法規科牌子)
負責衛生執法人員培訓及執法人員資格認證工作。負責組織衛生行政處罰的聽證工作。承擔衛生行政復議工作。負責審查衛生行政處罰案件及擬發衛生管理規範性文件。負責衛生法律、法規的宣傳、教育工作。
(四)衛生監督防保科
依法對職業、食品、學校、環境、放射及化學保健品衛生實施監督。負責重大公***衛生事件的調查處理及衛生監督稽查工作。負責醫療機構、采供血機構、母嬰保健機構及傳染病防治的監督工作。負責衛生監督隊伍的資格審查與培訓管理。組織制訂食品、化妝品等與健康相關產品的質量管理辦法和措施。
擬定農村衛生、社區衛生服務、婦女兒童保健工作規劃和政策措施並組織實施。指導基層衛生組織建設及初級衛生保健規劃的實施。組織、指導嚴重危害婦女、兒童健康疾病的防治工作。監督母嬰保健專項技術的組織實施。
組織協調開展全民健康教育工作。承辦市愛國衛生運動委員會的日常工作。組織開展城鄉社會性、群眾性公***衛生活動，檢查、指導農村改水改廁工作。
(五)醫政科
依法監督實施全市醫療技術人員執業標準、醫療機構管理規定和服務標準。負責各級各類醫療機構的業務技術指導和醫療事故鑒定工作。監督醫療機構的醫療質量和服務質量，依法監督管理血站的采供血及臨床用血質量。組織、協調公民無償獻血工作。負責醫療機構、衛生技術人員執業許可的審查和註冊工作。協助政府及有關部門對重大人員傷亡事件實施緊急救護。
制定全市中醫工作發展規劃和工作計劃，負責全市中醫院和綜合醫院中醫科的宏觀管理。負責中醫藥學術繼承管理和中醫特色專科建設工作。
研究擬定全市醫學科技發展規劃，負責醫學科技情報、科技保密和科技檔案的管理工作，組織科技成果開發、推廣應用與獎勵工作。制訂全市衛生行業的在職考試培訓規劃和繼續醫學教育制度並組織實施。負責全市執業醫師、執業護士執業考試工作。
(六)地方病防治辦公室
擬定傳染病、地方病、職業病、慢性非傳染性疾病及其他嚴重危害人體健康疾病的防治規劃和措施，並檢查、督促實施。負責全市衛生防病機構的業務技術指導。開展疾病監督監測工作。遇有自然災害和重大疫情，協助政府有關部門采取措施控制疾病的發生和蔓延。承辦市地方病防治領導小組的日常工作。負責地方病防治工作的組織協調，指導縣(區)各級政府及有關部門開展地方病防治工作。