（壹）土壤中的細菌
土壤中含有大量的微生物，土壤中的細菌來自天然生活在土壤中的自養菌和腐物寄生菌以及隨動物排泄物及其屍體進入土壤的細菌。它們大部分在離地面10～20厘米深的土壤處存在。土層越深，菌數越少，暴露於土層表面的細菌由於日光照射和幹燥，不利於其生存，所以細菌數量少。
土壤中的微生物以細菌為主，放線菌次之，另外還有真菌、螺旋體等。土壤中微生物絕大多數對人是有益的，它們參與大自然的物質循環，分解動物的屍體和排泄物；固定大氣中的氮，供給植物利用；土壤中可分離出許多能產生抗生素的微生物。進入土壤中的病原微生物容易死亡，但是壹些能形成芽胞的細菌如破傷風桿菌、氣性壞疽病原菌、肉毒桿菌、炭疽桿菌等可在土壤中存活多年。因此土壤與創傷及戰傷的厭氧性感染有很大關系。
（二）水中的細菌
水也是微生物存在的天然環境，水中的細菌來自土壤、塵埃、汙水、人畜排泄物及垃圾等。水中微生物種類及數量因水源不同而異。壹般地面水比地下水含菌數量多，並易被病原菌汙染。在自然界中，水源雖不斷受到汙染，但也經常地進行著自凈作用。日光及紫外線可使表面水中的細菌死亡，水中原生生物可以吞噬細菌，藻類和噬菌體能抑制壹些細菌生長；另外水中的微生物常隨壹些顆粒下沈於水底汙泥中，使水中的細菌大為減少。
水中的病菌如傷寒桿菌、痢疾桿菌、霍亂弧菌、鉤端螺旋體等主要來自人和動物的糞便及汙染物。因此，糞便管理在控制和消滅消化道傳染病有重要意義。但直接檢查水中的病原菌是比較困難的，常用測定細菌總數和大腸桿菌菌群數，來判斷水的汙染程度，目前我國規定生活飲用水的標準為1m1水中細菌總數不超過100個；每1升水中大腸菌群數不超過3個。超過此數，表示水源可能受糞便等汙染嚴重，水中可能有病原菌存在。
（三）空氣中的細菌
空氣中的微生物分布的種類和數量因環境不同有所差別。空氣中的微生物來源於人畜呼吸道的飛沫及地面飄揚起來的塵埃。由於空氣中缺乏營養物及適當的溫度，細菌不能繁殖，且常因陽光照射和幹燥作用而被消滅。只有抵抗力較強的細菌和真菌或細菌芽胞才能存留較長時間。室外空氣中常見產芽胞桿菌、產色素細菌及真菌孢子等；室內空氣中的微生物比室外多，尤其是人口密集的公***場所、醫院病房、門診等處，容易受到帶菌者和病人汙染。如飛沫、皮屑、痰液、膿汗和糞便等攜帶大量的微生物，可嚴重汙染空氣。某些醫療操作也會液成空氣汙染，如高速牙鉆修補或超聲波清潔牙石時，可產生微生物氣溶膠；穿衣、鋪床時使織物表面微生物飛揚到空氣中，清掃及人員走動塵土飛場也是醫院空氣中微生物的來源。室內空氣中常見的病原菌有腦膜炎奈瑟氏菌、結核桿菌、溶血性球菌、白喉桿菌、百日咳桿菌等。空氣中微生物汙染程度與醫院感染率有壹定的關系。空氣細菌衛生檢查有時用甲型溶血性鏈球菌作為指示菌，表明空氣受到人上呼吸道分泌物中微生物的汙染程度。