本條例所稱蒙醫藥包括蒙醫和蒙藥。第二條 在自治縣行政區域內從事蒙醫醫療、預防、保健、康復、教育、科研以及蒙醫藥生產、經營、使用和管理等活動的公民、法人和其他組織，應當遵守本條例。第三條 自治縣人民政府貫徹中西醫並重的方針，落實蒙醫藥的繼承、保護、扶持和發展政策。第四條 自治縣衛生行政部門負責全縣蒙醫藥管理工作，並負責本條例的組織實施。
自治縣衛生行政部門應當設置蒙醫藥管理機構或者配備專職管理人員；
自治縣民族、財政、經貿、質量技術監督、勞動和社會保障、人事、物價、食品藥品監督等部門應當按照各自職責範圍，依法做好蒙醫藥事業發展的相關工作。第五條 自治縣人民政府應當將發展蒙醫藥事業納入國民經濟和社會發展規劃，將蒙醫藥事業經費納入財政預算，逐年增加投入。
自治縣人民政府對蒙醫藥醫療、科研機構中從事醫療、制劑、科研等工作人員的工資待遇給予充分的財政保障。
自治縣人民政府設立蒙醫藥專項資金，用於扶持蒙醫藥事業發展、教學、科研、技術開發和人才培養等重點項目。
自治縣在蒙醫藥事業建設和發展中，依法享受上級國家機關的資金扶持和政策照顧。第六條 自治縣人民政府及有關部門應當采取多種形式，宣傳蒙醫藥的獨特療效和作用，擴大蒙醫藥的影響。第七條 按照國家規定，蒙醫蒙藥診療服務項目納入自治縣職工醫療保險、城鎮居民基本醫療保險和新型農村合作醫療基金支付範圍，支付比例可高於中西藥費用支付比例。
納入基本醫療保險診療項目目錄和藥品目錄範圍的蒙醫藥診療技術和藥制劑，由蒙醫藥領域專家參與遴選。第八條 自治縣蒙醫藥價格實行政府指導價和市場調節價相結合的原則。蒙醫藥價格標準由物價部門會同蒙醫藥行政主管部門，根據蒙醫藥醫療服務勞動技術價值、蒙醫藥制造成本和開發技術等因素確定。第九條 自治縣人民政府應當根據本行政區域蒙醫醫療機構設置規劃，建立健全蒙醫藥醫療服務體系：
（壹）設置符合國家醫療機構設置標準的蒙醫醫療機構和蒙藥制劑室；
（二）支持蒙醫藥科研和技術開發，設立蒙醫藥科研機構，促進蒙醫藥產業化發展；
（三）縣級綜合醫院應當設置蒙醫科，有條件的可以設置蒙藥房。第十條 自治縣人民政府鼓勵和支持符合國家規定條件的各類組織和個人興辦個體私營、股份合作制和股份制蒙醫醫療機構。第十壹條 自治縣的蒙醫醫療機構從事醫療服務活動，應當以蒙醫藥服務為主，突出蒙醫藥的特色和優勢，並與現代科技手段相結合，充分發揮蒙醫藥在防病治病、保健康復等方面的傳統診療作用。
未取得執業醫師資格和執業助理醫師資格的蒙醫、蒙醫專業技術人員，衛生行政部門可根據臨床療效和工作實踐進行培訓，考核合格後發給鄉村醫生執業證書，在定點醫療衛生機構從事蒙醫醫療活動。
蒙醫執業醫師具有執業資格，具有完全民事行為能力，執業年限不受年齡限制。
自治縣人民政府應當結合本地實際，依法制定蒙醫藥師承教育的具體實施辦法。第十三條 自治縣的蒙醫藥人員在晉升專業技術職務時，應當將蒙醫藥基礎理論、專業知識和工作業績作為職稱外語和計算機應用能力考試的重點，予以免試；
蒙醫藥專業技術職務晉升評審時，論文可以使用蒙文。第十四條 自治縣成立由副高級以上職稱的蒙醫藥專業技術人員組成的蒙醫藥專家委員會，其成員由自治縣衛生行政部門推薦，自治縣人民政府審定。
自治縣有關單位應派蒙醫藥專家委員會成員參加下列評審或鑒定：
（壹）蒙醫藥科研項目的立項和成果的評審鑒定；
（二）蒙藥生產企業、蒙醫醫院、科研院所的評審鑒定；
（三）蒙醫藥教材編寫、考試、評卷；
（四）蒙醫藥教材編寫、試題命制、評卷工作；
（五）蒙醫藥教材編寫、試題命制、評卷工作；
（四）蒙醫藥新藥創制評審工作；
（五）蒙醫藥醫療事故鑒定工作。
蒙醫藥專業技術人員晉升專業技術職稱，由上級國家機關組織評審。