中後期肉雞軟頸病多是由於病毒感染或毒素損傷雞頸部肌肉組織內的神經系統，或腸道疾病長期不愈，腸道內消化吸收障礙，缺乏某些維生素（維生素B2），使雞壹開始就擡不起頭來，造成軟頸病。雖然我們在這壹階段見過很多病例，但通常不容易分清病因，有的雞只是單純的非典型新城疫病毒引起的軟頸癥，有的是腸毒綜合癥，或是維生素、葉酸片不集中癥狀或是肉毒梭菌毒素等等壹種或多種病因綜合因素引起的疾病，只有找到或去除病因，最終才能對癥治療，防患於未然。
下半年鴿新城疫導致雞患軟頸病
最近2年，全國各地區均發生25日齡以後的雞采食不增、拉綠便、癱瘓雞和軟頸雞、解剖看有腸道紅斑、腺胃乳頭出血等病癥，較嚴重的甚至還出現大量死傷，但又是呼吸系統繼發傳染病，且病癥不明顯。看不出呼吸系統、繼發感染的情況下，經獸醫確認是鴿新城疫或非典型性鴿新城疫，治療方法不壹，有的立即用抗原，有的用生物制品（轉移因子、幹擾素栓），也有強制註射的，但考慮到強制註射很容易刺激呼吸系統，加重死亡的幾率很可能比選用生物制品更大。
鴿子新城疫、流感和結腸炎混合感染，導致雞群脖子發軟
還有就是到了中後期，雞群呼吸道還沒好，不通暢，同時排泄物也不是很好、拉黃綠色稀便，剖檢腸道有紅點，胃腸乳頭出血，支氣管有粘液，有的氣管炎還混濁，雞同時伴有腸炎癥狀，雞也不願意動，部分雞群發生軟脖子，就這種病，比較難治，同時用中草藥或多抗治療鴿子新城疫和流感及其結腸炎的藥物，如果呼吸系統比較嚴重點還需要治療呼吸系統的藥物。
雞群後半代腸毒綜合癥
雞群精神面貌尚可，但生長發育遲緩，雞冠發白，大群雞拉稀不好看、拉乳白色條狀或粘液狀排泄物，糞便中有未消化的精料，糞便顏色發黃，有的雞發生精神物質沈寂，縮頭縮腦，來回亂串，易大叫，繼而高位截癱，發生軟頸擡不起頭的情況。