藥物分析在藥品的質量控制中擔任著最主要的任務。包括藥物成品的理化檢驗，藥物生產過程中的質量控制，藥物貯存過程中的質量考察，醫院調配制劑的快速分析，新藥研究開發中的質量標準制訂以及體內藥物分析等。
首先，是藥物成品的理化檢驗，通過檢驗，判斷藥品是否符合藥品質量標準的要求，合格的藥品方能銷售和使用。在藥物的生產過程中，為保證產品的質量，需要對原料、中間體、副產物等進行分析監控。對貯存過程中的藥品需要定期進行質量考察，以便采用合理的貯存條件和管理方法，保證藥品在貯存和使用過程中的質量穩定。在醫院調配制劑的快速分析檢驗同樣需要藥物分析的手段，以保證其制劑的質量。
其次，在新藥的研制開發中，除對新藥的合成路線、藥理毒理、制劑工藝等進行研究外，還需要進行質量標準和穩定性研究。即根據藥物的化學結構、理化性質和可能影響質量的因素，設計出藥品真偽的鑒別、純度檢查和含量測定的方法，並建立新藥的質量標難。
此外，在藥物代謝動力學、藥物制劑生物利用度、臨床藥理學以及臨床血藥濃度監調中，同樣需要藥物分析的方法和手段，對血液、組織、器官中的藥物進行定性和定量分析，了解藥物在體內的吸收、分布、代謝和消除等壹系列過程，研究藥物的作用特性和作用機制，為臨床合理用藥，尋找活性代謝物，發現先導化合物提供必要的信息。
由此可見，從藥物的研制、生產、貯藏、供應、使用到臨床血藥濃度監測壹系列過程都離不開藥物分析的方法和手段。所以藥物分析不僅僅是靜態的常規檢驗，而且要深入到生物體內、代謝過程、工藝流程、反應歷程和綜合評價上進行動態的分析監控，分析方法朝著更加準確、靈敏、專屬、快速、多種方法聯用，以及連續化、自動化、最優化和智能化方向發展。將使藥物分析工作的質量和效率進壹步提高，各種新技術、新方法的發展將會為藥物分析工作者提供更廣闊的空間。所有這些進展，無疑將大大促進藥品質量的提高，進壹步確保藥品的安全性和有效性，更好地滿足人民群眾對身體健康日益迫切的需求。