根據上述職責，市食品藥品監管局設8個內設機構：
（壹）辦公室。
綜合協調局機關日常工作；牽頭制定機關各項規章制度；協調實施年度工作目標責任制；組織協調應急處置工作；承辦機關文電、重要會務、政務信息、機要、保密、檔案、信訪、提案議案、宣傳、安全保衛、行政後勤、信息化建設等日常工作。承擔局機關的經費預算編制和執行工作，以及固定資產、技術裝備的購置和管理工作；承擔直屬單位國有資產和財務的指導、監督檢查工作。
（二）組織人事處。
承擔局機關和直屬單位的機構編制、組織人事和隊伍建設等工作；指導本系統開展幹部業務培訓和行政相對人專業知識培訓；組織實施執業藥師（執業中藥師）和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品、餐飲服務從業人員職業資格制度以及相關專業技術職務評審。
（三）政策法規處。
承擔有關藥品、醫療器械、保健食品、化妝品、餐飲服務食品安全監督管理地方性法規、規章草案的起草工作；指導推進依法行政和普法宣傳、教育工作；承擔本部門行政規範性文件的審查工作；承擔行政執法監督工作，承擔相關行政復議、行政應訴、行政處罰聽證等工作；組織協調藥品、醫療器械、保健食品、化妝品、餐飲服務食品安全全市性執法檢查和重大案件及跨地區案件的督辦工作。
（四）行政審批處。
按規定權限統壹承擔本部門有關藥品、醫療器械、保健食品、化妝品和餐飲服務的行政許可工作和非行政許可審批事項的辦理工作，承擔杭州口岸藥品進口備案的有關工作，承辦上級食品藥品監督管理部門組織實施的有關許可工作。
（五）餐飲服務監管處（掛保健食品化妝品監管處牌子）。
監督實施保健食品、化妝品生產經營質量管理規範和餐飲服務食品安全管理規範，組織實施餐飲服務食品安全量化分級管理制度，監督實施餐飲服務食品安全標準，組織實施重大活動餐飲服務食品安全保障工作，參與餐飲服務食品安全重大事故的調查處理；承擔保健食品、化妝品、餐飲服務食品的安全性檢測評價、風險評估和應急處置工作；監督實施化妝品不良反應監測制度；指導餐飲服務食品安全、保健食品的日常監管和化妝品的衛生監督工作；指導全市保健食品、化妝品、餐飲服務食品安全檢驗檢測機構的業務工作。
（六）藥品安全監管處。
監督實施藥品、醫療機構制劑、直接接觸藥品的包裝材料和容器的法定標準；監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗、中藥材生產、藥品生產、醫療機構制劑配制質量管理規範；監管麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品、放射性藥品、醫療機構制劑和直接接觸藥品的包裝材料和容器的生產、經營和使用；監管藥源性興奮劑和藥品類易制毒化學品的生產；配合有關部門實施國家基本藥物制度，組織實施藥品分類管理制度；承擔藥品生產安全性檢測評價、風險評估和應急處置工作；監督實施藥品不良反應監測制度；指導藥品生產企業日常監管工作；指導全市藥品檢驗檢測機構的業務工作。
（七）藥品流通監管處。
監督實施藥品經營質量管理規範；監督實施流通領域處方藥、非處方藥分類管理制度；監督實施城鄉集貿市場中藥材購銷規則；監督管理藥源性興奮劑和藥品類易制毒化學品的經營和使用；組織實施醫療機構使用藥品質量的監管，參與藥品集中采購監督管理工作；組織實施互聯網藥品信息服務和交易行為的監管工作；承擔藥品流通安全性檢測評價、風險評估和應急處置工作；指導藥品經營企業日常監管工作。
（八）醫療器械監管處。
監督實施醫療器械產品的法定標準；監督醫療器械生產、經營企業依照相應的質量管理規範或管理要求組織生產和經營；監督醫療機構在醫療器械采購、儲存、使用環節遵守管理規定；監督實施醫療器械不良事件監測制度；受委托實施醫療器械質量體系考核工作；承擔醫療器械安全性檢測評價、風險評估和應急處置工作；指導醫療器械生產經營企業日常監管工作；指導全市醫療器械檢驗檢測機構的業務工作。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。