2006年7月14日，中國郵政在江寧區祿口街道正式註冊成立南京中郵航空速遞物流集散中心。
江蘇省委、省政府高度重視、大力支持該項目的建設。江蘇省及南京市各有關部門提供了優質的服務，創造了良好的環境。為加快推進項目建設，中國郵政集團公司領導極為重視，並與南京市政府相關部門領導成立項目聯合小組，形成定期溝通協調機制，專題研討項目推進過程中存在的問題。
南京集散中心全體員工艱苦奮鬥，闊步前行，有力、有序地推進項目建設。在人員少、任務重、時間緊的情況下，緊鑼密鼓地將項目備案、環保評估、項目用地、項目立項等向相關部門報批。員工加班加點，學習了解報審流程，多次與江蘇省發展和改革委員會、省環境保護廳、省國土資源廳和南京市規劃局等相關部門主動聯系溝通和進行匯報，說明項目建設的重要性和緊迫性，順利取得了相關環保批復、建設用地規劃許可證。
2006年12月28日，南京集散中心正式開工建設。
南京集散中心位於南京市江寧區祿口鎮王後山、南京祿口國際機場西南側，場區未開工之前都是農田、河塘。項目分兩期建設，壹期建設包括：自主建設停機坪，設置19個停機位；新建兩條機坪滑行聯絡道；配套建設滑行道助航燈光系統、機坪供電及照明系統、監控系統給排水及消防系統等工程。陸側工程為主體房屋建設，總建設規模為172945平方米，包括分揀生產主樓171067平方米和郵件處理中心。
2007年11月11日，項目壹期機坪場地清表清淤工程開工，陸續完成了土石方回填、場地平整、機坪水穩、道面、助航燈光、消防、弱電、供油管線等工程建設。
為早日將壹期機坪完工投入使用，南京集散中心與民航總局、民航華東管理局、祿口國際機場等單位溝通，在不影響正常飛機運營的情況下，商談進行不停航施工，並將不停航施工方案報民航華東管理局江蘇監管辦，方案中將機坪巡邏車走的路線由下穿改為平交，節約投資2000多萬元。方案於2009年4月20日獲得批準。當月26日晚，南京集散中心成功打開了祿口機場A、B滑行聯絡道圍界部分，完成了跨排水溝道路的鋪設工作及飛行區臨時圍界搭建工作，施工人員攻堅克難、不辭辛苦，於6月13日順利完成了機坪聯絡道不停航施工工程，比原計劃壓縮了40天。
機坪壹期工程於2009年9月23日，通過中國郵政集團公司及民航華東地區質監站竣工驗收。同年12月26日圓滿通過了民航行業驗收，項目壹期機坪具備停機坪投產運營條件。
郵件轉運處工程於2009年5月13日開工，面積6922平方米，雖然不大，但是專業齊全，是先期投產不可或缺的工程。當年12月24日全部完工，並通過了民航行業和集團公司的驗收。
分揀中心主樓主體工程是南京集散中心全面投產的重中之重，整個工程面積大、跨度大、層高高、夾層多、預留多，是郵政工程建設史上的新裏程碑，也是能否實現速遞郵件全國集中、分揀、投遞的關鍵設施。分揀中心主樓於2009年11月17日開工建設。全體員工克服雨雪、嚴寒和高溫等各種不利的天氣因素影響，制定了科學的施工組織計劃，加強土建與工藝的協調，全力以赴推進工程進度。2010年6月10日，順利實現了鋼結構屋架吊裝這壹節點性成果，受到了集團公司領導的肯定。2011年5月31日土建工程完工，具備裝機條件。
2011年6月1日，南京集散中心工藝設備進場安裝。在各工藝供應商進場前，中心專門制定了卸車相關規定，向各工藝供應商提供了設備發貨聯系單的具體樣式。中心積極與土建方溝通協調，給各供應商劃分存儲區域、規劃運輸線路。同時，根據設備到貨後現場情況，積極組織各工藝供應商將其設備安全、有序運入集散中心工程現場。為加強工藝工程現場施工的安全管理，南京集散中心於8月5日向各參建單位發布了《工藝工程施工安全管理辦法》，要求各單位在施工過程中遵照執行。中心安排專人每日進行現場安全巡檢，做好現場安全檢查日誌，對不足之處立即指出，將事故隱患消除在萌芽狀態。各項工藝工程設備正在緊張有序安裝。同心同德 ***創輝煌的未來。
自2006年開工建設至今，南京集散中心在中國郵政集團公司領導的大力關懷和有力指導下，在抓建設質量、保生產運行的同時，積極應對各種壓力和挑戰，註重規範管理，加強隊伍建設，不斷提高各方面工作水平，為建設和運行做好服務支撐工作。艱苦的努力，終於換來了沈甸甸的收獲。
2010年8月17日，根據集團公司的整體部署，郵航飛機從祿口國際機場遷至郵政自主建設的南京壹期停機坪集散，南京“全夜航”總包集散交換作業轉至臨時郵件轉運處場地，集散中心項目壹期機坪工程和臨時郵件轉運處工程開始投產運行並發揮其應有的作用，已取得效益。壹架架中國郵政航空公司的“全夜航”飛機，承載著百年郵政的宏偉願景，從這裏昂首起飛了。
2011年1月1日，南京集散中心正式接手郵航陸側郵運生產任務。從公司現狀、速遞物流的流程優化以及投產需求統籌考慮，建章立制，規範管理，逐步配置設施，改善作業環境，不斷完善作業標準，優化作業流程，做好相關數據流量流向的統計和生產運行的分析工作。南京集散中心日均接發飛機12架，接收幹線郵路汽車25趟次（省內17趟、省際8趟），幹線郵路汽車***18趟（省內12趟、省際6趟）。日均郵件交換量達1.4萬袋，重量約86噸，最高突發持續進出港郵件達2.2萬袋，重量突破100噸。陸轉航郵件約占總郵件量的59%，航轉陸郵件約占41%。
百年大計，以人為本。南京集散中心領導層認為，作為規模宏大的集散中心，土建是基礎，工藝是引擎，人才是支撐。南京集散中心持續改善壹線員工住宿、就餐、通勤等生產生活條件，始終堅持以人為本的發展理念，加強生產員工業務知識和技能的學習，努力實現企業發展成果與員工***享。面對重大節假日郵件猛增的情況，南京集散中心領導身體力行，深夜深入現場，慰問壹線員工，並參與郵件分揀，帶頭作戰，確保了旺季生產暢通無阻。
南京集散中心認真學習貫徹2011年“正點工程”工作思路，對每壹進出南京集散中心的航班、汽車郵路以及郵件處理中心作業環節的33道工序，進行流量、流向、流程、流速和作業現狀跟班寫實及數據統計；運用大量數據，制定優化方案，進行逐條論證、修改。從幾個月的郵運生產情況來看，南京集散中心相關生產的業務、技術、管理支撐已步入正軌。郵運生產實現了平穩過渡，質量、時限全優，圓滿實現了預期目標。
光陰荏苒，春去秋來。南京集散中心從無到有，像壹個稚嫩的孩子，在郵政這個大家庭中，穩步健康成長。它將按照“全程全網、聯合作業，上壹環節為下壹環節服務”的原則，密切與兄弟單位配合，加快工藝工程安裝，力爭早日全面投產，在中國郵政的生產、經營和發展中發揮出更大的作用，作出更大的貢獻。