斯巴達二號士兵的成功在UNSC公開斯巴達計劃之前就已經成為壹個傳說，公開之後則被視為人類抵抗星際聯盟戰爭的不朽神話。然而，斯巴達二號輝煌勝利的背後卻有著令人擔憂的現實。首先，第二階段的斯巴達士兵數量確實太少。他們的努力可能會贏得壹兩場戰鬥，但遠遠不能改變戰局。為了保證第二階段斯巴達戰士的質量，哈爾西博士制定了嚴格的基因選擇標準，使得合格的候選人寥寥無幾。在已經不多的候選人中，有將近壹半沒有通過生物改造，最終只有33名斯巴達II戰士能夠上戰場。在這33名精銳士兵中，長年奮戰的人數壹直在減少。另壹方面，豪西博士因為找不到合適的人選，無限期推遲了斯巴達的訓練，使得後繼乏人的斯巴達二階戰士。
其次，大家對斯巴達二戰士和雷神裝甲的訓練經費足夠訓練裝備壹個營的普通戰士。如此高的軍費開支也讓人對培養新壹批第二階段士兵的投入產出比有所保留。
第三個問題是斯巴達第二階段為了鼓舞士氣已經公開了。如果訓練壹批新的士兵，人們會想知道候選人和訓練的細節。海軍情報局恐怕不能再無拘無束地綁架孩子了，訓練內容和生物改造也不能像過去那樣順利實施了。
在種種約束下，斯巴達計劃不得不另辟蹊徑，在瑪瑙上啟動絕密的斯巴達三期計劃。斯巴達計劃第三階段的最終目標是訓練相對優勢的士兵，用更少的經費，在短時間內執行高危自殺任務。換句話說，斯巴達計劃的第三階段是用人命換時間。希望能在幾十年內培養出數萬名高素質的戰士，從而能夠對抗在數量和技術上遠超人類的星際聯盟軍。斯巴達三期解決了二期的很多問題。雖然手段存疑，但效率和最終結果都很驚人。
1，斯巴達三世大大降低了基因選擇的標準，使得更多的候選人能夠參與到這個計劃中來。第三期戰鬥機的候選人壹般有400多人，最後選出300人作為壹個連級單位。降低基因選擇標準雖然增加了候選人數，但也讓斯巴達三世士兵的整體水平參差不齊。尤其是心理素質問題很多。與第二階段戰士不同的是，第三階段戰士的候選幼兒不是在選定目標後從家中被綁架，而是“自願加入”。第三期戰士的候選人都是在星際聯盟戰爭中失去父母和家園的外圍殖民地孤兒。選定目標後，選擇者會詢問候選人是否要殺死星際聯盟為父母報仇。在這種選拔標準和方法下，所有參加第三期項目的孩子都極具攻擊性、暴力性，容易發怒、失控，在訓練中經常為了壹點小事和同齡人打架。
2.隨著科技的發展，生物修飾和晶體植入的存活率有了很大的提高，從二期的50%左右提高到三期的100%。負責生物改造研究的菊花計劃為斯巴達三世士兵提供了以下生物改造藥物:
藥物8942-LQ99:使骨頭堅硬，幾乎不可能折斷。
醫學88005-MX77:肌纖維蛋白使肌肉組織更厚更強。
藥物88947-OP24:視角膜是壹種穩定藥物，增加視覺靈敏度和夜視能力。
藥物87556-UD61:增加神經敏感度，減少反應時間。
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在這些藥物的基礎上，庫爾特在訓練伽馬公司時加入了改變額葉神經傳導的突變體009762-OO(違禁藥物)。這種藥物會大大增強壹個人的攻擊性、力量、耐力和對疼痛的耐受力。它能讓人在極端情況下保持活躍，不會像普通人壹樣進入休克狀態。但是副作用也很嚴重。這種藥物使人喪失理性思維和戰術規劃能力。他們必須繼續服用另外兩種藥物來減輕009762-OO的副作用。
3.三期兵的訓練周期縮短，訓練技能從註重個人能力發展轉向戰術配合能力。二期兵2517開始訓練，2525年才進入戰鬥，訓練時間***8年。三期兵阿爾法連300名士兵，2531開始訓練，2536年投入戰鬥，訓練時間只有五年。
4.第三階段的士兵不再裝備雷神裝甲，而是使用半動力滲透裝甲(半功能潛伏裝甲，SPI裝甲)。SPI盔甲雖然優於普通士兵的盔甲，但在防禦和功能上卻遠不及二期士兵的雷神盔甲。當然SPI護甲比雷神護甲便宜多了。SPI甲，顧名思義，在肉搏戰中並不占優勢，目的是“潛伏”。SPI裝甲配備了最新的偽裝功能，可以隨時根據周圍環境改變裝甲的顏色和材質。它的材料相對較輕和柔軟，為穿著者提供了最大的活動空間。但是SPI甲沒有防護盾功能，所以沒有防護能力。
第三階段斯巴達士兵的訓練是在第二階段斯巴達士兵的監督下完成的——051庫爾特(中校·庫爾特·安布羅斯飾)和曼德斯。從2531年計劃開始到2552年星際聯盟戰爭結束，壹個* * *訓練了三組士兵。其中第壹個投入戰鬥的阿爾法連在2537年的普羅米修斯任務中全部陣亡。第二批貝塔公司投入戰鬥
在2545年的魚雷行動中陣亡，只有兩名士兵幸存。第三批伽馬連還在訓練，瑪瑙星上的先鋒遺跡因為光暈被激活而處於戒備狀態。最終伽馬公司只有幾個人和其他幸存的第二階段士兵，豪斯醫生和曼德斯的教官壹起進入了神盾局世界。
考慮到第三階段計劃的領導者艾克森上校和主要負責人庫爾特051已經被殺，而星際聯盟和人類的戰爭也因為光環中中士的壹系列舉動而結束，恐怕斯巴達的第三階段計劃不會再招募士兵了。整個斯巴達計劃也因為戰爭的結束而宣告結束。
第三階段最後幸存的斯巴達戰士包括:貝塔連:B091露西，B292湯姆，伽馬連:G099阿什，G？-奧利維亞，G？馬克，和日本刀隊成員(人數和姓名不詳)。