1.總則：秋季腹瀉是病毒性感染，有壹個自限病程，現今所有的治療手段並沒有特效（當然除了復方苯乙哌啶這個異類），僅有不同程度的改善癥狀，縮短病程和減少並發癥的作用。所以治療秋季腹瀉總的原則是：順應疾病的自限過程，適當使用藥物治療，積極預防和治療水電解質紊亂。
2.壹般治療：建議減少母乳餵養的次數。而改用澱粉類如米粉或米湯餵養。雖然教科書中都認為病毒性腹瀉，無需停用母乳，但臨床確實有“吃奶吃的多就拉的多”現象。
3.藥物評價：
3.1抗病毒藥物：
對於秋季腹瀉，抗病毒藥物幾乎沒有什麽療效，幹擾素用於本病沒有預期的那麽好，可以試用，但不推薦。病毒唑可以試用，比較經濟，也比較符合“用總比不用好”的心理。胸腺肽雖然不屬抗病毒藥，但用於本病，有可能使病程縮短，但要註意過敏反應的發生。對於秋季腹瀉，臨床可以憑經驗選用壹種抗病毒藥物，這樣可以避免無藥可用的尷尬，對於自己和家長都是壹種安慰。這樣做總比用抗生素好。
3.2抗生素：
抗生素對於秋季腹瀉，沒有治療作用，只會適得其反。臨床常見有醫生遇瀉就有抗生素，而且都是三代的頭孢菌素，有必要嗎？且不論藥品回扣。這樣的做法對於病毒性腹瀉，使用強效的三代頭孢，壹則：胃腸道反應可以加重腹瀉癥狀。二則：可幹擾腸道內的正常菌群。三則：合並腸道菌群調節劑可使後者失效。看官，請不要使用抗生素於秋季腹瀉。俺求妳了！！！
3.3吸附劑：
市面上較多的是思密達，必奇等，其成分都是雙八面體蒙脫石。吸附劑最大的優點就是安全有效。在腸道不吸收，但能吸附在腸粘膜上，可修補損傷的腸粘膜，又可吸附和固定細菌和病毒，繼而隨大便排出體外。所以說這個藥比較環保。副作用偶見便秘。這類藥的用法比較特殊，需要向家長詳細的說明：1.首劑加倍2.水溫：壹定要用溫水，以入口不燙為標準。3.水量：50ml水左右，千萬不可貪圖方便，調成糊狀服用，這樣有個屁用。常有家長反映這個藥沒什麽用，壹問用法，回答常是這樣。4.藥物相互作用：與其他藥同服，需間隔2小時以上。
3.4復方苯乙哌啶：
這是壹個異類，藥物學上明確指出慎用於小兒，有呼吸抑制作用。但復方制劑，加入了阿托品，使呼吸抑制大為降低。止瀉作用舉世無雙，價格便宜無藥可比。臨床較為常用，也可以說是濫用。有些病人會購買整瓶作為家中常用藥。對於這個藥用於兒科，爭議很大，但市級醫院壹般是不用的。基層醫院用的比較多，老壹輩的醫生用的比較多。
個人意見：慎用於小兒秋季腹瀉，尤其是早期，合並有病毒血癥時，如果使用，有閉門留寇之慮，使大量復制的病毒不能隨大便排出體外，而使發熱久居不下。再者：復方苯乙哌啶用於兒科，沒有劑量標準，有些家長以為是特效藥，會隨意加大劑量，有出現意外的可能，不安全。第三：易掩蓋癥狀。因為大便性質對於診斷有很大的幫助，早期使用，大便也瞧不見了，如果臨床其他癥狀不見緩解，又不見大便，診斷難度加大了。總之：復方苯乙哌啶是個治標不治本的藥，應慎用於小兒腹瀉，腹瀉早期應禁用。對於診斷明確，經後病因治療，後期仍以腹瀉為主要癥狀時，可以試用。
3.5中藥制劑：
(1).丁桂兒臍貼：含用丁香肉桂等溫性藥物成份，對於小兒感受風寒，出現的吐瀉有較好的療效，並且是臍貼，使用方便，依從性好。無明顯副作用，偶有局部過敏。對於秋季腹瀉小兒，都可以選用此藥，雖然沒有100%的療效，但配合其他藥物，可收到事半功倍的作用。用法：臍部溫水洗凈後，貼臍，壹天壹夜後換。
(2).石榴皮煎汁服用：此藥是壹味收澀藥，這個辦法也是偏方的壹種，有時有奇效，可作為備用方法，諸法無效後而試之。
(3).炒白術研成藥末服用：可收到健脾燥濕止瀉的作用，只是口味不怎麽好，效果並不突出。可作為備用方法。
(4).香蕉連皮蒸熟服用：有時有很好的療效，七版實用內科學上也介紹了這種方法，感興趣的可以去看看。可作為備用方法。
(5).脾可欣顆粒：常用於腹瀉時間較長，合並腸道功能紊亂的小兒，多於腸道菌群調節劑合用。但要排除生理性腹瀉的可能。
4.腸道菌群調節劑：
如億活，整腸生，培菲康，貝飛達，媽咪愛等。用於秋季腹瀉有壹定的療效，常可以配合吸附劑壹起使用，可以起到相輔相成，增強療效的作用。膠囊制劑可以脫開膠囊，放入溫水或奶液中服用，不影響療效。但壹定要註意溫度，不能燙，不然有益菌不被燙死才怪。