壹、原料研究
通過對多來源、多產地的質量的比較研究，固定藥材的基源、產地、規格等級，穩定了中藥材采購基地，確保產品質量的穩定。
1.多來源品種基源確定：為了保證中藥配方顆粒質量的穩定，確定藥材基源及藥用部位。在研究中比較不同來源藥材的質量，並考慮市場上主流品種的供應情況，最終確定藥材的基源及藥用部位。如*羊藿：2000年版藥典收載5來源，經研究，朝鮮*羊藿中*羊藿苷含量較高，可達1.08-1.76%，因此確定*羊藿基源為朝鮮*羊藿的地上部分。
2.多產地品種產地確定：有些品種由於產地、生長方式的差異，導致藥材有效成分含量差異較大。通過比較不同產地藥材中有效成分的含量，最終確定原料的產地，確保原料的質量。如黃芩，通過比較研究不同產地藥材中黃芩苷的含量，結果，山東平邑地區的黃芩藥材中黃芩苷的含量可達19.8%~22.3%，因此，確定黃芩配方顆粒的原料產地為山東平邑。
除上述品種、產地確認外，對采集、加工炮制有詳細規定。
二、工藝研究
理論基礎：傳統理論：遵循中醫藥理論，根據傳統湯劑的制備特點，原則上以水為溶媒。現代理論：根據根莖、葉、花、果實、種子、全草等各類藥材的組織結構特點及所含化學成分（如生物堿、黃酮、蒽醌、皂苷、揮發油等）的性質，進行分類研究。
1.浸提工藝研究
①揮發油提取工藝：根據不同品種所含揮發油性質的差異，如極性、沸點、密度等，采用水蒸汽蒸餾提取揮發油。將揮發油進行包合，考察包結時間、溫度和油水比例等參數。
②水溶性成分提取工藝研究：應用正交試驗或均勻設計法優選提取工藝參數。
a 根據藥味所含化學成分的性質，采用正交試驗或均勻設計法，對加水量、煎煮次數、煎煮時間等工藝參數進行優化。b 通過對各類代表性品種的提取工藝研究，為制定其它組織結構類似或所含化學成分性質類似品種的浸提工藝提供了依據。c 同時在確定具體品種的浸提工藝時，還結合傳統湯劑的制備方法（如先煎、後下、久煎、搗碎後入煎等），制定出既具科學性，又有經濟實用性的浸提生產工藝。
2.分離工藝研究：根據需去除雜質的性質特點，特別是對難過濾的含粘液質、澱粉、果膠類成分較多的藥材，研究應用適宜的過濾工藝及設備，保證了產品的質量。
3.濃縮工藝研究：研究制定了真空薄膜濃縮工藝，使提取液在真空減壓狀態下，只需較低的溫度即可濃縮至規定的相對密度，有效地保留了藥物的有效成分。
4.噴霧幹燥工藝研究：根據濃縮清膏的相對密度、含固量等參數，以及清膏中所含成分的性質特點，考察噴霧幹燥進風溫度、出風溫度、塔內負壓等工藝參數。
5.制粒工藝研究：考察輔料品種及用量、主側壓力、進料速度等工藝參數，特別註重了吸濕結塊問題的研究並取得了滿意的成果。
三、質量標準研究
質量標準研究的項目有性狀、鑒別、檢查、含量測定等內容。
1.建立專屬性的鑒別方法：采用TLC、HPLC、IR等色譜鑒別和光譜鑒別方法，選用陽性對照，建立專屬性強、靈敏度高、重現性好的鑒別方法。常用300個品種已建立薄層色譜鑒別，並於2004年在國內首次推出《中藥配方顆粒薄層色譜彩色圖集》，記載了單品種152個，6個復方中藥配方顆粒薄層色譜及5個中藥配方顆粒綜合圖譜，附色譜圖188幅，藥材和飲片照片156幅。在圖集制作過程中，每個品種均取多個批次樣品進行分析，比較不同批次之間薄層色譜圖的差異。
2.建立含量測定項目：根據所測成分的理化性質，我們采用薄層掃描法、紫外分光光度法、高效液相色譜法等方法研究建立了方法簡便、重現性好的含量測定方法。根據10批配方顆粒的含量測定結果，建立含量限度。
如規定黃連配方顆粒中含小檗堿以鹽酸小檗堿計不得低於15%。炒白芍配方顆粒中含芍藥苷不得低於3.0%。葛根配方顆粒中含葛根素不得低於10%。梔子配方顆粒中含梔子苷不得低於10%。
四、藥理藥效學研究
選擇生脈飲、加味生化湯、葛根芩連湯、霍香正氣散等10個經方，由中國中醫研究院中藥研究所、南京中醫大學、中國藥科大學等單位開展合煎與分煎的藥效學比較實驗。
生脈飲分煎和合煎均有抗烏頭堿誘發的小鼠心律失常作用，藥效作用無差異。均有抗大鼠失血性休克作用，藥效作用無差異。
加味生化湯分煎和合煎均有促進子宮收縮作用；均有明顯止血作用，合煎劑優於分煎劑。
藥效學研究結果表明：各個處方分煎和合煎，均有明顯療效；兩者藥效學作用相近，無明顯差異；在有些藥效學指標方面，配方顆粒的療效優於飲片。
五、臨床研究
選用臨床療效確切，有客觀檢驗指標的經方10個。選擇具有新藥臨床研究資質的醫院。由南京中醫藥大學臨床研究室（衛生部新藥臨床藥理研究基地）開展分煎和合煎臨床療效比較研究。研究結果表明：分煎和合煎均有明顯療效，其中2個處方分煎結果優於合煎，其它8個處方分煎、合煎無明顯差異，臨床配方應用是可行的。