1、申請。食品銷售經營者、餐飲服務經營者及單位食堂申請人向市或各鎮街（園區）食品藥品監管部門業務受理窗口提出申請，提交申請材料，其中，保健食品（批發、零售）食品經營申請人向各鎮街（園區）食品藥品監管部門業務受理窗口提出申請。材料齊全的，受理業務窗口向申請人出具接收材料憑據，材料不齊全的，不予接收；
2、受理。受理人員核驗申請材料，5個工作日內作出受理決定。申請人符合申請資格，並材料齊全、格式規範、符合法定形式的，予以受理，出具《食品經營許可申請受理通知書》；申請人不符合申請資格或材料不齊全、不符合法定形式的，不予受理，出具《食品經營許可申請不予受理通知書》。申請人材料不符合要求但可以當場更正的，退回當場更正後予以受理；
3、審查。受理後，審查人員對材料進行審查，在20個工作日內作出審查決定，對符合條件，作出準予許可的決定。因特殊原因需要延長期限的，經本行政機關負責人批準，可以延長10個工作日，並將延長期限的理由告知申請人。並自作出決定之日起10個工作日內，向申請人頒發《食品經營許可證》；不予通過的，出具《不予許可決定書》；
4、領取結果。申請人按約定的方式到市或各鎮街（園區）業務受理窗口領取《食品經營許可證》或《不予許可決定書》。
東莞食品經營許可證備案辦理材料如下：
1、原件備查，復印件蓋章。企業法人、合夥企業、個人獨資企業、個體工商戶等，提交營業執照；
2、提交食品安全自查、從業人員健康管理、進貨查驗記錄、食品安全事故處理等保證食品安全的規章制度。其中，食品經營企業還應當提交從業人員健康管理制度和培訓管理制度、食品安全管理員制度、食品安全自檢自查與報告制度、食品經營過程與控制制度、場所及設施設備清洗消毒和維修保養制度、進貨查驗制度、食品貯存管理制度、廢棄物處置制度、食品安全突發事件應急處置方案等食品安全管理制度；從事食品批發業務的經營企業還需提交食品銷售記錄制度；
3、食品銷售連鎖企業總部提交下屬食品經營門店名單、地址、聯系方式等備案；
4、復印件蓋章，銷售散裝熟食制品、散裝酒的經營者提供；
5、申請銷售散裝熟食制品、散裝酒的經營者，提交生產單位的《食品生產許可證》或《食品小作坊登記證》復印件；
6、申請銷售散裝熟食制品、散裝酒的經營者提交生產單位的《食品生產許可證》或《食品小作坊登記證》復印件。
綜上所述，設區的市食品藥品監督管理部門可以結合實際制定本市食品經營許可工作實施方案，並負責對轄區內食品安全風險較高的集體用餐配送單位、中央廚房以及食品經營連鎖企業總部等食品經營單位實施許可審查。
法律依據：
《食品經營許可管理辦法》第二條
在中華人民***和國境內，從事食品銷售和餐飲服務活動，應當依法取得食品經營許可。
食品經營許可的申請、受理、審查、決定及其監督檢查，適用本辦法。
第三條
食品經營許可應當遵循依法、公開、公平、公正、便民、高效的原則。
第四條
食品經營許可實行壹地壹證原則，即食品經營者在壹個經營場所從事食品經營活動，應當取得壹個食品經營許可證。