生物制藥是用生物工程的方法及分離提純工藝獲得治療疾病的有效成分。生物制藥與植物藥之間的關系表現在：
1、植物藥為生物制藥提供先導化合物。什麽樣的化學物質具有治療活性，不能憑空推想的；壹般都是在已有的植物藥中去尋找（比較經濟，省時省人省力）。然後用生物工程的方法生產這種有效成分或其衍生物。
2、植物藥的藥源植物為生物制藥提供場所或為尋找這種場所提供方向。打個比方，紫杉醇是在太平洋紅豆杉中發現的，在我國的東北紅豆杉中也有發現。由於紅豆杉植物的匱乏，需用生物工程的方法生產紫杉醇；壹般只是選用紅豆杉屬植物的離體培養物，如懸浮培養細胞，不會選用其他植物。 紅豆杉，屬淺根植物，其主根不明顯、側根發達，是世界上公認的瀕臨滅絕的天然珍稀抗癌植物，是第四紀冰川遺留下來的古老樹種，在地球上已有250萬年的歷史。由於在自然條件下紅豆杉生長速度緩慢，再生能力差，所以很長時間以來，世界範圍內還沒有形成大規摸的紅豆杉原料林基地。中國已將其列為壹級珍稀瀕危保護植物，聯合國也明令禁止采伐。
3、植物藥為生物制藥提明方向。基因工程藥物提得很多；基因工程藥物怎麽來，把控制有效成分合成（的酶）的基因克隆，整合到受體中去令其（超）表達，得到需要的化合物。基因是怎麽得來的，得到原植物中去找！
當然，生物制藥不會局限於植物藥；其中涉及的場所除植物外還有微生物（抗生素的生產）和動物（轉基因羊、轉基因牛）；生產的藥物也不僅是植物來源的！
天然藥物是極為重要的藥物開發資源，系統生物學與合成生物學的技術發展，高通量生物技術提供了天然藥物分子篩選的重要方法，轉基因生藥可以改造天然藥用成份的表達水平與方式，2003年美國成功采用合成生物技術使青蒿素在酵母細胞內表達，從而開辟了天然藥物分子的微生物工程制藥的新途徑。