但懷孕後，輕微的婦科炎癥通常不會影響懷孕，大多數情況下也不會導致胎兒畸形。嚴重的話會有影響，但是婦科病是需要藥物治療的，需要在熱量建立之前治愈。如果產前兩個月內婦科炎癥仍然存在，可能會影響胎兒健康(不僅是婦科炎癥，菌群攜帶的其他疾病也可能影響胎兒健康，包括感冒、發燒、腹瀉等。所以孕期要保證身體健康，心情愉快)，但使用的藥物可能導致胎兒畸形(即使孕期感冒發燒也不能吃感冒藥、消炎藥、退燒藥)。懷孕後，應盡量少用或不用藥物。某些疾病需要服藥時，也應在醫生指導下應用。尤其應避免使用激素、磺胺類和四環素類藥物，因為這些藥物會對胎兒造成損害，作用不明確的藥物應禁用。即使是用了很多年的黃體酮，也要慎用。
其他影響:
1、細菌性陰道病:妊娠期細菌性陰道病的母嬰危害包括:流產、胎膜早破、早產、羊水感染、產後子宮內膜炎、剖宮產術後切口感染等。
2、黴菌性陰道炎:妊娠感染除了增加產褥感染的影響外，還有宮內感染的可能。新生兒可通過產道感染，產後護理期間的密切接觸也會引起新生兒皮膚、腸道和陰道感染。
3.滴蟲性陰道炎:孕中期以後感染增加了早產、胎膜早破和產褥感染的發生率。新生兒外陰炎和陰道炎可能發生在產道感染後的幾個月。女嬰被感染後，滴蟲可處於潛伏寄生狀態，青春期會因雌激素分泌增多而出現癥狀。
4.尖銳濕疣:該病由人乳頭瘤病毒感染引起，部分感染該病毒的女性長期來看會增加患宮頸癌的風險。孕期母體血液中的大量病毒可能會感染胎兒。新生兒經產道感染的主要危害是青春期發生喉乳頭狀瘤病。