單位主要負責人要加強對內部審計工作的領導，定期聽取匯報，研究部署工作，及時批復年度內部審計工作計劃、審計報告，並督促有關部門、單位落實審計意見，保證內部審計人員依法行使職權。第五條 各級衛生行政部門應按照國家法律、法規的規定，設置內部審計機構，配備審計人員，開展審計工作。
年收入3000萬元以上或擁有300張病床以上的醫療機構、年收入2000萬元以上或所屬單位多的企業、事業單位，應當設置獨立的內部審計機構，配備專職審計人員。
其他衛生企業、事業單位可以根據需要，設置獨立的內部審計機構，配備專職審計人員，也可以授權本單位其他機構履行審計職責，配備專職或者兼職審計人員。第六條 內部審計人員應當具有審計、會計、經濟管理、工程技術等相關專業知識和業務能力。內部審計人員實行崗位資格準入和後續教育制度，各單位應當予以支持和保障。第七條 內部審計機構負責人必須具備中級以上相關專業技術職稱或5年以上的審計、會計工作經歷。內部審計機構負責人任免應征求上級主管內部審計機構的意見，並按幹部管理權限任免。第八條 內部審計人員辦理審計事項，應當嚴格遵守內部審計準則和內部審計人員職業道德規範，依法審計，忠於職守，做到獨立、客觀、公正、保密。
內部審計人員與被審計單位或者審計事項有利害關系的，應當回避。任何組織和個人不得幹預內部審計工作。第九條 部門和單位應當支持內部審計工作，及時解決工作中存在的問題，保護內部審計人員依法履行職責，保證內部審計開展工作和培訓所必需的經費。第三章 業務指導與監督第十條 衛生部內部審計機構負責指導和監督全國衛生系統內部審計工作，並對部屬（管）單位組織實施內部審計。
地方各級衛生行政部門內部審計機構負責指導和監督本地區衛生系統內部審計工作，並對所屬（管）單位實施內部審計。
各類衛生單位的內部審計機構負責本單位的內部審計工作，並對所屬機構進行審計和業務指導、監督。
各部門、各單位內部審計機構接受國家審計機關的指導和監督。第四章 內部審計職責與任務第十壹條 衛生行政部門內部審計機構對本系統內部審計業務指導和監督的主要職責是：
（壹）按照國家法律和法規，制定內部審計制度規定及工作規範；
（二）指導和監督有關部門、單位建立健全內部審計機構，配備內部審計人員，按規定開展內部審計工作；
（三）制定內部審計工作計劃，組織行業內部審計及審計調查活動；
（四）組織審計業務培訓，開展審計工作研究，交流審計工作經驗，表彰內部審計先進單位和個人。第十二條 內部審計機構履行下列職責：
（壹）擬定內部審計規章制度；
（二）審計預算的執行和決算；
（三）審計財務收支及有關經濟活動；
（四）按照幹部管理權限開展有關領導人員的任期經濟責任審計；
（五）審計基本建設投資、修繕工程項目；
（六）審計衛生、科研、教育和各類援助等專項經費的管理和使用；
（七）開展固定資產購置和使用、藥品和醫用耗材購銷、醫療服務價格執行情況、對外投資、工資分配等專項審計調查工作；
（八）審計經濟管理和效益情況；
（九）審計內部有關管理制度的落實；
（十）其他審計事項。第十三條 內部審計機構每年應當向本部門、本單位主要負責人提交工作報告。第十四條 內部審計機構對審計工作中的重大事項，應及時向上級主管部門內部審計機構報告。