申報人員只要申請認證特殊疾病，即可享受上述的報銷比例。特殊疾病醫療保險報銷可按照以下流程進行。
1.所需材料：《基本醫療市級統籌特殊疾病申報表》、兩張1寸近照(壹張貼在申報表上、壹張用於分中心做特病證)、經單位簽字蓋章後由單位或本人將申報表、身份證復印件及照片
2.報銷辦理流程：
1)將上述材料上交參保單位所在區醫保中心，靈活就業人員直接將上述資料交本人參保區醫保中心。每月申報特病時間為1—20日。
2)申報人員應在每月23—24日(節假日順延)，撥打參保醫保中心電話或直接到單位或醫保中心了解檢查醫院的地址及檢查日期，並在檢查當日8：30準時到達指定醫院。
3)申報人員在檢查當日應帶上與申請特病病種相關的原始門診病歷(自發病之日起2年含2年內的病歷資料)、住院病歷復印件(須醫院蓋章)、檢查資料的原件和原片(如CT、MRI、冠狀動脈造影)，以及身份證原件、醫保證。
4)申報糖尿病、肝硬化(失代償)的參保人員需空腹前往醫院進行檢查(自備早餐)。
特殊病種在壹般藥店買藥不可以報銷，只能在指定的醫療機構或者藥店購藥，才享受報銷待遇。特藥納入門診特殊病種藥品目錄，參照基本醫療保險乙類藥品進行管理，凡符合使用特藥限定適應癥範圍的參保患者，須按規定程序並經社會保險經辦機構審核同意後才可以報銷。城鎮職工、城鎮居民參保患者，分別由醫療保險基金直接報銷醫保結算價的75%或70%，超出醫保結算價部分的特藥費用醫保基金不予支付，並不再享受有關補充醫療保險待遇。
特殊疾病醫療保險報銷比例：
1.起付線：500元;
2.報銷比例：超出起付線部分，甲類病種門診醫療費報銷85%;乙類病種門診醫療費報銷75%。
3.最高支付限額：50000元。
4.超出部分報銷：超過50000元以上的部分，再由大額醫療救助金按規定給予報銷。
哪些特殊疾病在醫保保障範圍內?
壹、慢性疾病
1.高血壓病(1級高血壓中高危和很高危、2級高血壓、3級高血壓);
2.糖尿病1型、2型;
3.冠心病;
4.精神分裂癥、心境障礙(抑郁躁狂癥)、偏執性精神障礙;
5.肝硬化(失代償期);
6.系統性紅斑狼瘡;
7.腦血管意外後遺癥(腦梗死、腦出血、蛛網膜下腔出血後遺癥);
8.結核病;
9.風濕性心瓣膜病;
10.類風濕性關節炎;
11.慢性支氣管炎伴阻塞性肺氣腫;
12.甲亢。
慢性疾病實行門診定點就醫(壹、二級定點醫療機構各選1所)，不設報銷起付線，報銷比例為壹級醫療機構80%、二級60%、三級40%，年報銷限額為1000元/年/人，患兩種或兩種以上特殊疾病的，每增加壹種，年報銷限額增加200元。
二、重大疾病
1.血友病;
2.再生障礙性貧血;
3.惡性腫瘤的放療(化)療和晚期的鎮痛治療;
4.腎功能衰竭的門診透析治療;5.腎臟、肝臟、造血幹細胞移植術後的抗排異治療;
6.嚴重多器官衰竭(心、肝、肺、腦、腎);
7.艾滋病機會性感染;
8.唇腭裂;
9.地中海貧血(中、重型);
10、兒童先天性心臟病;
11.兒童白血病。
法律依據：
《中華人民***和國社會保險法》第二十八條 符合基本醫療保險藥品目錄、診療項目、醫療服務設施標準以及急診、搶救的醫療費用，按照國家規定從基本醫療保險基金中支付。
《中華人民***和國社會保險法》第三十條 下列醫療費用不納入基本醫療保險基金支付範圍:
（壹）應當從工傷保險基金中支付的；
（二）應當由第三人負擔的；
（三）應當由公***衛生負擔的；
（四）在境外就醫的。
醫療費用依法應當由第三人負擔，第三人不支付或者無法確定第三人的，由基本醫療保險基金先行支付。基本醫療保險基金先行支付後，有權向第三人追償。