蒙醫和中醫都是傳統醫學，但二者在臨床用藥上並不相同，很多蒙藥和中藥交叉使用，但有些用藥機理並不相同，如肉豆蔻，中藥用於溫中行氣、澀腸止瀉，而蒙藥則用於治療心臟病；有些蒙藥材中藥用量較少，蒙藥則大量使用，如石榴、黑冰片、梔子、大蜀葵、大蜀葵花、山沈香、蒙山蘿蔔等。蒙藥炮制的方法、炮制所用的輔料、炮制的程度也與中藥不同，而且蒙藥多為生用，服用方法和劑量也各不相同。正因為如此，按蒙藥理論制成的蒙藥，藥味濃，用量少（湯劑壹般口服壹次3～5克，丸劑、散劑口服壹次1.5～3克），藥力強，作用獨特，療效突出。在長期的醫療實踐中證明，蒙藥在治療半身不遂、風濕、類風濕、心臟病、胃病、肺病、婦女病、偏頭痛、咽喉腫痛等方面有許多療效顯著的獨特配方和蒙藥，深受各民族醫生和患者的歡迎和好評。
蒙醫藥，從70年代新發展以來，國家十分重視、關心、規範蒙醫藥工作，在1970~1972年普查內蒙古藥物資源的基礎上，編制發證了蒙、漢文《內蒙古中草藥》兩種。1972~1977年進行了較全面的調查研究，在對蒙藥材進行考證的基礎上，制定了部分蒙藥材、蒙藥國家標準，蒙藥首次登上《中華人民****、國家藥典》。隨後，內蒙古衛生廳組織編制制定了《內蒙古蒙藥材標準》、《內蒙古蒙藥標準》，近年修訂後，作為 "衛生部標準 "頒布實施。由自治區有關單位總結多年臨床經驗，在蒙醫藥臨床標準化研究的基礎上，通過專家論證會，於1997年由國家中醫藥管理局頒布了《蒙醫婦兒科內外兼治疾病診斷與療效標準》。與此同時，全國八個省、自治區的新壹代蒙醫藥事業蓬勃發展，蒙醫藥醫療、教學、科研都發展到了壹個新的階段，蒙藥材開發、中成藥生產、蒙藥研究都在蓬勃發展。在當代，蒙醫藥已面向全國，走向世界，為全世界全人類更好地服務。