I.適用人群不同
社區醫療保險：參保人群包括18周歲以下的在校學生（含小學、初中、高中、中專、技校）或學齡前兒童，以及其他18周歲以下的居民；18周歲以上的失業人員；未享受養老金、退休金的老年人；
職工醫療保險：參保人群為所有用人單位職工、享受養老金的退休職工。
二是待遇水平不同
由於職工醫保繳費比例相對較高，職工醫保待遇優於社區醫保。以三級醫院為例，社區醫保住院醫療待遇比例為50%-70%，而職工醫保門急診或住院待遇比例壹般為70%-85%，退休人員為90%。（
職工醫保有個人賬戶，可以用於門診和購藥，而社區醫保沒有；
三、繳費方式不同
社區醫保是按年繳費，壹年繳費壹次，可以在9月至12月繳納下壹年的費用，如果逾期繳費將不能享受下壹年的醫保待遇；
職工醫保是按月繳費，也有規定的繳費期限，逾期繳費將產生滯納金。
四、繳費來源不同
社保醫保：由個人申請，自己繳納，政府進行相對補貼；
職工醫保：由用人單位繳納工資的6%，個人繳納工資的2%，政府不進行補貼。
五是繳費要求不同
社區醫保：對繳費年限沒有要求，交壹年保壹年；
職工醫保：男性繳費滿25年，女性滿20年，達到國家規定的退休年齡可以不再繳費就可以享受基本醫療保險待遇；
城鄉居民基本醫療保險不累計繳費。年限壹般是交壹年用壹年，壹旦斷交或錯過繳費時間，則當年不能用於報銷參保期間的醫療費用。
法律依據
《中華人民****、國家社會保險法》
第十六條
參加基本養老保險的個人，達到法定退休年齡時累計繳費滿十五年的，按月領取基本養老金。
參加基本養老保險的個人，達到法定退休年齡時累計繳費不足十五年的，可以繳費至滿十五年，按月領取基本養老金；也可以轉入新型農村社會養老保險或者城鎮居民社會養老保險，按照國務院規定享受相應的養老保險待遇。