申請農藥經營許可證，由當事人提出申請，工商局受理、審查、發證。申請農藥經營許可證，經營者需要具備專業知識、存放農藥的場所和管理措施。
處理流程包括:
(壹)申請人向市政府中心農資窗口提交申請材料；
(二)申請人提交的材料齊全、符合法定形式的，即受理並出具受理通知書；不予受理的，應當書面通知申請人並說明理由。
(三)受理申請後對材料進行審查。材料審查合格的，必要時組織現場核查。
(四)根據專家評審或現場檢查意見，對合格的予以批準；不合格的，不予批準，並書面通知申請人，說明理由。
(五)領取人憑身份證和受理通知書領取處理結果。
申請材料:
1.農藥經營許可證申請表；
2.法人代表(負責人)營業執照和身份證復印件；
3.操作人員的學歷或培訓證書等基本信息；
4.經營場所和倉儲場所的所有權或租賃證明；
5.經營場所和倉儲場所的地址、面積、平面圖等說明材料及相關照片；
6 .計算機和農藥管理系統、可追溯電子信息碼掃描設備、安全防護、倉儲設施等清單和照片；
7.管理體系的目錄和文本；
8.申請材料真實性、合法性的聲明；
9.委托的，應當提供授權委托書。
申請農藥經營許可證需要具備哪些條件？
1.有具備農藥和有害生物防治專業知識，熟悉農藥管理法規，能指導安全合理使用農藥的操作人員；
2.具有與其他商品、飲用水源和生活區有效隔離的經營場所和儲存場所，並配備與所申請農藥相適應的防護設施；
3.有與申請的農藥相適應的質量管理、臺賬記錄、安全防護、應急處置、儲存管理等制度。限制使用農藥的，還應當按照省、自治區、直轄市人民政府農業主管部門的規定，配備相應的藥物指導和病蟲害防治專業技術人員，實行定點作業。
綜上所述，國家實行農藥經營許可制度，從事衛生用農藥的除外。農藥經營者應當符合上述條件，並按照國務院農業主管部門的規定向縣級以上地方人民政府農業主管部門申請領取農藥經營許可證後，方可經營農藥。
農藥經營許可證管理辦法
第八條申請農藥經營許可證，應當向縣級以上地方農業部門提交下列材料:
(壹)農藥經營許可證申請表；
(二)法定代表人(負責人)身份證明復印件；
(三)業務人員的學歷或者培訓證書；
(四)經營場所和倉儲場所的地址、面積、平面圖等說明材料和照片；
(五)計算機管理系統、可追溯電子信息碼掃描設備、安全防護、倉儲設施等清單和照片；
(六)相關管理制度目錄和文本；
(七)申請材料真實性、合法性的聲明；
(八)農業部規定的其他材料。
申請材料應同時提交紙質文件和電子文件。