蒙藥常用藥450余種，蒙藥專用藥260余種，本地區自產占30%。有清熱藥、祛巴達幹藥、抑黑藥、祛黃水藥。有驅蟲藥、熱病促成型藥、殺粘液藥、利水補腎藥、破匾去滯藥、止咳化痰藥、潤腸通便藥、止瀉藥、滋補強壯藥等17大類。
蒙醫藥有許多具有開發利用價值的資源。如無患子科植物枳殼的莖和枝，就是蒙藥中的特效藥。經化學分析，鄧麗佳玉考證含有黃酮類、皂苷類、揮發油類、油脂類、香豆素類、甾醇類和糖類，顧維章等對不同產地的木香成分進行了比較分析，並從木香中提取了兩種黃酮類化合物，即楊樹皮黃酮和雙氫槲皮素。黃亞芳等人從其乙醇提取物中分離出了五種化合物，即二氫槲皮素、二氫楊梅素、表兒茶素、表兒茶素和壹種結構未知的化合物。Gu Wei-zhang 等從毛黴科植物北草烏的幹燥葉中分離出烏頭堿、次烏頭堿、新烏頭堿、脫氧烏頭堿和北草烏生物堿。Deng Lijia 等從漆樹科植物南瑤棗的幹燥成熟果實中獲得了黃酮類、有機酸類、甾醇類、揮發油類、香豆素類、糖類和酚類成分。Zhou Changfeng 等人通過試驗獲得了揮發油。油脂、甾醇、萜烯、酚類成分、蒽醌、香豆素、氨基酸、蛋白質和糖類。Deng Lijia 等人從菊科植物萵苣的種子中獲得了揮發油、黃酮類、氨基酸、多肽蛋白質、酚類成分和糖類。 Gu Weizhang 等人分析了真菌的花，花中含有揮發油、黃酮類、植物甾醇、三萜類和糖類。劉國勝報道，內蒙古紫草含B、B-二甲基丙烯酰紫草素1.21%，含量高於紫草等。又如：廣棗（珠沙如很芍藥），具有清心火、強心的功效；經其藥理分析，具有治療冠心病、心律失常的作用。蒙古山蘿蔔花（胡和？ 烏達巴拉），具有清熱的功效，經藥理研究有顯著的強心作用。山沈香（阿拉善阿嘎魯），具有抑黑、清熱、止痛、呼吸的功效；經現代藥理研究有壹定的抗驚厥作用，對中樞神經系統有明顯的抑制作用，並有明顯的鎮痛作用。篳篥具有調胃火、除煩熱、理氣、滋補強壯、平喘、祛痰止痛的功效；其揮發油經動物實驗具有抗缺氧、保護實驗性急性心肌缺血的作用。白苣勝揮發油有明顯的利尿作用，其總黃酮對心血管有良好的作用。翁冠木（辛夷）具有清熱、消腫、止痛的功效。其總黃酮具有明顯的鎮痛和抗炎作用。此外，還有白菖蒲、黨參、黃柏、紫花地丁、高烏頭、金蓮花等。這些資源都具有壹定的開發和利用價值。這些資源有的已經開發，有的正在開發利用。
內蒙古蒙藥資源最豐富的地區是東部山區，特別是大興安嶺雁北山區，而內蒙古主要大宗藥材主要分布在廣大草原和荒漠地區。
據調查和有關資料顯示，內蒙古蘊藏量較大的主要植物藥有：麻黃、甘草、苦豆、陳皮、苦杏仁、柴胡、黃柏、油松、刺五加、鎖陽、仙鶴草。其次是赤芍、黃芩、苦參、黃精、玉竹、天冬、黃芪、桔梗、益母草、仙鶴草、防風、遠誌、葶藶子、枸杞子、大戟、莪術。還有灰灰菜、榆葉梅、馬寶、硬紫草、香附、草烏、翟麥、鐵線蓮等。此外，還有壹定量的鹿茸、牛黃等動物藥和余高土、麥飯石等礦物藥。
蒙古藥用植物是內蒙古重要的生物資源，開發利用這壹資源主要有兩個目的。壹是尋求防病治病、保障人民健康的新藥；二是利用資源獲得最佳經濟效益。在這方面，內蒙古多年來做了大量工作，積累了壹些經驗，在此基礎上探索壹些有效途徑，進壹步開發利用這壹生物資源造福人類是擺在全體醫務工作者面前的首要任務。通過國內各族人民與中外經濟文化的交流、醫學科學的交往與交流，這壹時期的蒙醫藥學有了完整的醫學理論體系，積累了寶貴的臨床經驗和豐碩的學術成果。當時，許多蒙醫學家將漢、毛醫學著述，奠定了蒙醫基礎理論發展的基礎。其中具有代表性的有17世紀著名蒙醫藥學家占布拉的《醫法海鑒》壹書，記述了蒙醫治療各種疾病的方藥，是壹套較為完整的蒙醫方劑。18世紀蒙醫藥人松巴、坎布、依昔巴拉珠所著《甘露滴珠》、《甘露醫理》、《甘露診辨論診療集》、《識藥經》等整套蒙醫藥著作。還有蒙醫羅布桑、索勒日哈木所著的《脈學概要》、《巴沙參制藥法》、《藥物鑒別》等著作。19 世紀蒙醫占布拉多吉所著《蒙醫大典》。***收藥物879種，***附插圖576幅。還有蒙醫名家羅布桑全普樂，都通過壹生的臨床實踐，較全面地總結了前人的經驗，著有《實用蒙醫》壹書。19世紀至20世紀初，蒙醫發展到壹個新階段，出現了壹批蒙醫名醫和蒙醫專著：如著名蒙醫學家呼日勒晶珠的《蒙醫辨證》、《補遺醫解》等。庫西卡主編了《蒙醫驗方集》，並與蒙、藏、漢、滿四體蒙藥合列；伊西丹增旺吉爾主編了《紅珊瑚驗方》；吉格木丹增紮木魯主編了《普東方》；敖老主編了《醫方與技法》；阿旺龍日格圖布達尼瑪爾主編了《珊瑚珠方》等。這些著作的出版使蒙醫藥學日臻完善，逐步形成了具有鮮明北方民族醫藥特色和地域特點的現代蒙醫藥學。為保障北疆各族人民的健康和蒙古民族的繁榮昌盛做出了貢獻。
中國人民****和國家成立後，黨的民族政策和中醫藥（民族醫藥）政策，促進了蒙醫藥事業的迅速發展。在內蒙古廣大牧區和部分農區，普遍建立了蒙醫醫院，使蒙醫藥在醫療逆境保健中發揮了重要作用。廣大蒙醫藥工作者在防治常見病、多發病、地方病和疑難病方面取得了豐碩成果。內蒙古自治區部分盟市先後建立了蒙醫藥研究機構，在系統理論、藥物、臨床等方面的研究都取得了顯著成績，自治區還建立了蒙醫藥高等院校、蒙醫藥中等專業學校，培養了大批新型蒙醫藥人才，使蒙醫藥事業的發展後繼有人。近年來。廣大蒙醫藥工作者廣泛收集蒙藥配方。各地對蒙醫藥資源進行了普查，開展了采、種、用活動，加強了科研工作。同時，建立了大規模的現代化蒙藥廠，以滿足區內外的需要。