醫療機構的工作人員，每天的工作強度非常大，很容易出現辭職等現象。在壹些疫情比較嚴重的地區，很多醫療機構和醫院的醫護人員，每天的工作時間長達12個小時，從每天早上6點開始做核酸檢測，壹直持續到晚上10：00左右，如此高強度的工作壓力會讓很多人產生辭職的念頭，壹旦醫護人員數量不足，很多核酸檢測工作的效率就會降低，疫情的風險就沒有辦法在短時間內得到控制，給其他各省區的人們帶來很多潛在的風險。
醫療機構的醫療設備容易出現不足，尤其是核酸檢測的試紙價格以及機器設備，都非常昂貴，小縣城和三四線城市的醫療機構，將很難應付如此高額的醫療設備資金、即使是在壹二線城市的醫療機構，日常的資金輸出壓力也都非常大，所以想要解決這壹困境就需要有當地政府的財政金融的支持，來緩解醫療設備資金不足的現象。
醫療機構創新能力不足，病毒下的疫情是在不斷變化的，作為壹些基層的醫療機構，就很難創新出新的項目，特別是對於壹些醫療機構的設備出現老化更新不及時，人員配置比例比較少，醫療機構的財政收入遠遠不能滿足人們的需求。導致醫療機構財政財務收入遠遠大於支出，長此以往很可能面臨資金困難，導致無法正常營業和工作。
總的來說，醫療機構面臨困境的內在邏輯是，疫情產生的壓力導致醫療機構的資金鏈容易斷裂。這會導致壹系列困難，如人員工資分配不足、設備更新效率低等。