（壹）辦公室。
負責機關文電、會務、機要、檔案、保密、統計、信訪、新聞宣傳、政務公開、應急管理、綜合治理、資產管理等制度建設、綜合協調和督促檢查工作；指導本系統信息化建設；組織開展與食品、藥品、保健食品、化妝品監督管理有關的國內外交流與合作。
（二）政策法規處。
參與起草食品藥品監督管理方面的地方性法規和政府規章草案；承擔規範性文件的合法性審核、協調和備案工作；承擔行政執法監督和聽證工作；承擔有關行政復議、行政應訴和賠償等工作；承擔食品藥品監督管理有關重大政策的調研草擬工作；指導全省食品藥品監督管理機構的依法行政和法制建設。
（三）食品許可處。
承擔食品、化妝品衛生許可管理工作；擬訂保健食品、化妝品、消費環節食品衛生許可有關規範和標準並監督實施；依法承擔化妝品新原料使用、國產特殊用途化妝品生產等初審工作。
（四）食品安全監管處。
負責消費環節食品安全監督管理工作；擬訂消費環節食品、保健食品和化妝品安全管理規範並監督實施；依法組織實施並監督指導消費環節食品、保健食品、化妝品安全狀況調查和監測工作,發布與監管有關工作信息；審查和監測食品、化妝品廣告；指導和監督全省餐飲業、食堂等消費環節的食品安全事故處理工作。
（五）藥品註冊處（中藥民族藥監管處）。
監督實施國家藥品標準、直接接觸藥品的包裝材料和容器產品目錄、藥用輔料、醫療機構制劑標準及註冊工作；監督實施藥物非臨床研究、藥物臨床試驗的質量管理規範；組織實施中藥、民族藥監督管理和質量標準；執行國家中藥材品種保護制度和非處方藥物目錄；組織擬訂、修訂中藥材（民族藥材）地方標準及中藥飲片炮制規範。
（六）醫療器械監管處。
承擔全省醫療器械的研制、生產、流通、使用的監督管理工作；監督實施國家醫療器械標準；執行醫療器械產品分類管理目錄；承擔Ⅰ、Ⅱ類醫療器械產品的註冊和監督工作；監督實施醫療器械臨床試驗、生產、經營質量管理規範和生產質量體系認證工作；承擔醫療器械生產、經營許可的監督工作；發布醫療器械質量公告；審查和監測醫療器械廣告；組織開展醫療器械不良事件監測、再評價和淘汰工作；依法承擔醫療器械互聯網信息服務和交易行為的監督管理工作。
（七）藥品安全監管處。
組織實施國家藥品分類管理制度；參與實施國家基本藥物制度；監督實施中藥材生產、藥品生產、醫療機構制劑等質量管理規範；承擔放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品、藥品類易制毒化學品和藥源性興奮劑等監督管理工作；承擔藥品生產、醫療機構制劑配制等許可的監督工作；組織開展藥品不良反應監測、再評價和淘汰工作。
（八）藥品市場監管處。
監督實施藥品經營質量管理規範；依法負責藥品批發、零售連鎖經營許可、藥品市場秩序的監督管理工作；監督實施處方藥與非處方藥分類管理；發布藥品質量公告；審查和監測藥品廣告；依法承擔藥品互聯網信息服務和交易行為的監督管理工作。
（九）計劃財務處。
負責全省食品藥品監管部門專項經費和國家、省投資項目的申報及監督管理工作；制定局機關和直屬單位財務管理制度並組織實施；綜合管理各類資金、資產產權和政府藥品檢測設備的采購工作；編報本部門預算、決算，負責局機關及所屬單位的財務會計制度建設、資金（資產）管理與監督以及績效評價工作；負責局本系統行政事業性收費及罰沒收入的監督管理及內部審計工作。
（十）人事處。
負責局機關的機構編制、人事管理、勞動工資、教育培訓等工作，並指導直屬事業單位的上述工作；擬訂全省食品藥品監管系統教育培訓規劃、人才隊伍建設規劃和規章制度，並會同有關部門指導實施；實施執業藥師資格認定制度；負責組織藥學專業技術職務的評審工作。
機關黨委 負責局機關和直屬單位的黨群工作和目標管理工作。設置機關黨委辦公室。
離退休幹部處 負責局機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
紀檢監察機構 省紀委派駐省食品藥品監督管理局紀檢組、省監察廳派駐省食品藥品監督管理局監察室。行政編制4名。其中，紀檢組長1名，監察室主任1名。