目前，我們常說的消毒劑是指化學消毒劑。可按其化學性質的不同分為九大類：含氯消毒劑、過氧化物消毒劑、環氧乙烷、醛類消毒劑、酚類消毒劑、含碘消毒劑、醇類消毒劑、季銨鹽類消毒劑和雙胍類消毒劑。其中在水產上常用的消毒劑有含氯消毒劑，如漂白粉、三氯異氰尿酸、三氯異氰尿酸以及由此引伸的壹些消毒劑，像溴氯海因、二溴海因等。常用的過氧化物消毒劑為二氧化氯和最近新上市的第五代消毒劑過硫酸氫鉀復合鹽。常用的醛類消毒劑有甲醛（40％的甲醛也叫福爾馬林）、戊二醛以及復方戊二醛等。含碘消毒劑水產上主要使用的有PVP－I、雙鏈季銨鹽絡合碘兩種。像上面提到過的環氧乙烷、酚類消毒劑、季銨鹽類消毒劑（不包括雙鏈季銨鹽）和雙胍類消毒劑目前在水產上的應用尚少，僅在壹些工廠化養殖中偶有所用，但也只限於試驗性質，在此不作壹壹說明了。下面我們就水產中常用的壹些消毒劑的殺菌機理和特點以及在水產上的應用做壹個簡要分析。
含氯消毒劑壹直以來都占據著水產養殖消毒劑的重要位置，從漂白粉到三氯異氰尿酸、溴氯海因都是以“氯”來打天下。這類消毒劑的殺菌機理是與水發生反應生成小分子的次氯酸，次氯酸擴散到細菌表面，並穿透細胞膜直接氧化菌體蛋白，從而消滅病原微生物。該類消毒劑的優點是可殺滅各種微生物，包括細菌繁殖體、病毒、真菌、結核桿菌和抗力較強的芽孢；缺點是無機氯性質不穩定，易受光、熱和潮濕的影響，易喪失其有效成分。有機氯雖相對穩定，但溶於水之後也不穩定。研究表明，該類消毒劑的殺滅微生物作用明顯受水體環境因子的影響，壹般隨著溫度的升高，其作用加強，隨著pH值的升高，其作用減弱，當水體中有機物過多時，其消毒效果有明顯下降，而且該類消毒劑對水產動物的刺激性也較大。
含溴消毒劑和含氯消毒劑其殺菌機理和特點基本壹致，都屬於鹵素類的，都是通過氧化使細菌蛋白變性來達到消滅病原微生物的目的。在此就不作詳細說明了。
二氧化氯作為第四代水產消毒劑，被聯合國衛生組織確認為AI級安全消毒劑。其不僅能大幅度減少水中致病微生物的數量，而且不損害浮遊生物，對水體有消毒和增氧作用，對魚類出血性敗血病、爛鰓病、赤皮病、腸炎病、水黴病等以及對蝦的弧菌病、病毒病等均有顯著療效。過硫酸氫鉀復合鹽作為第五代消毒劑，真正達到了高效、安全、無殘留，但因其目前使用成本偏高，多用於蝦蟹及壹些名優水產品養殖上。
醛類消毒劑在水產養殖上常用的有甲醛、戊二醛和復方戊二醛。其殺菌滅毒機理是通過壹種活潑的烷化劑作用於微生物蛋白質中的氨基、羧基、羥基和巰基，從而破壞蛋白質分子，使微生物死亡。該類消毒劑可殺滅壹切微生物，但是對水產動物刺激性和環境影響都較大，現多用於對魚類水黴病的防治。
含碘消毒劑在水產養殖上的應用已越來越普遍。如常用的PVP-I和雙鏈季銨鹽。其殺菌滅毒機理是鹵化微生物蛋白質使其死亡。可殺滅細菌繁殖體、真菌和部分病毒，且相比上面兩類消毒劑其對水產動物的刺激性小、安全性高。
通過對上述水產中常用消毒劑的特點分析，希望以此來指導我們在水產養殖中的壹些實際生產工作。比如，三氯異氰尿酸的水溶液穩定性較差，應該現配現用；其殺滅微生物能力隨水溫的升高而加強，因此在高溫季節要註意其用量，不可盲目增加；其在pH值高的水體中藥效降低，所以在使用前後不應該施堿性藥物（如生石灰）；其對水產動物的刺激較大、易引起較強應激反應，因此對於壹些名貴水產類（如蝦、蟹，特別是在其脫殼期）和魚體有潰爛癥狀出現以及身體較虛弱（發生疾病壹段時間）的水產動物應慎用，以免引起死亡。在這種情況下，可選擇相對溫和、刺激性小的含碘消毒劑和雙鏈季銨鹽類消毒劑。
總之，在使用化學消毒劑時要把握其特點視具體情況具體分析，要準確、安全需在實際使用時先從低檔的消毒劑用起，若還未達到消毒目標或據當時情形需要，再使用高檔的消毒劑。即遵循氯制劑、溴制劑、雙鏈季銨鹽類、碘制劑、二氧化氯的過程，以控制消毒成本，並且消毒劑結構上的交替使用有利於防止耐藥性菌株的出現。在具體選擇何種消毒劑時也要把握其側重點。比如PVP－I側重用於病毒性感染疾病和以感染病毒為主的復合性疾病；雙鏈季銨鹽類側重用於抗應激能力差或對水環境要求嚴格的特種水產和壹般水產的苗種階段；氯制劑和二溴海因等溴制劑因其成本低側重用於對普通魚類的常規消毒；而二氧化氯側重用於對水體理化因子較為復雜的水體消毒；醛類消毒劑則側重用於對密集養殖的消毒和在上述消毒劑使用結果不理想情況下的消毒。