壹般來說，大多數人(包括孕婦和哺乳期婦女)每天服用3克以下是安全的，不會有深海魚油的副作用。服用劑量過高的深海魚油會導致血液凝固，增加出血風險。深海魚油可能的副作用包括打嗝、口臭、胃灼熱、惡心、便溏、皮疹和流鼻血。隨餐服用深海魚油補充劑通常可以減少這些副作用。壹些魚，尤其是鯊魚、鯖魚和養殖的鮭魚，可能受到汞和其他化學物質的汙染。因此，在選擇魚油補充劑時，應選擇從深海無汙染魚類中提取的高純度魚油產品。
嬰幼兒、兒童和青少年需要補充不飽和脂肪酸，但不建議從魚油膠囊中補充，而是從食物中補充，比如用含有藻油DHA的食用油補充DHA。在嬰兒、兒童和青少年中，腦細胞的數量在出生後並不隨著年齡的增長而增加，神經細胞的網絡需要增加，腦細胞需要豐富，這些都需要大量的DHA和EPA。補充不飽和脂肪酸還有改善記憶力的保健作用。
深海魚油1效果如何？EPA可以疏通血管:有助於保持血管暢通，防止血栓形成，預防中風或心肌梗塞；清除血液中堆積的脂肪，預防動脈硬化，防止外周血管阻塞的發生。
2.DHA能健腦益智:是腦細胞形成、發育和運行不可缺少的物質基礎，能促進和協調神經回路的傳導，維持腦細胞的正常運轉。對用腦過度的學生和上班族適當補充DHA，可以增強記憶力、專註力和理解力，而對老年人補充DHA，有助於激活思維，預防阿爾茨海默病。
對於深海魚油的功效和作用，專家如是說:
多吃深海魚油可能有害。
中山三院營養專家邊華偉:我不建議來咨詢營養的人吃深海魚油。不排除深海魚油有保健功能，但魚油吃多了也可能對人體造成傷害。深海魚油其實是壹種脂肪，壹種簡單的多不飽和脂肪酸，每種脂肪單獨使用都有所謂的不良反應。所以從營養學的角度來說，醫生從來不建議人們只攝入壹種脂肪，而是建議攝入各種脂肪。將深海魚油作為正常飲食之外的保健品，無疑會增加人們飲食中的熱量攝入，也是壹種不利於人體健康的飲食習慣。？
深海魚油的效果不太可信。
華南農業大學食品化學研究生劉老師認為:？深海魚油這種作為保健品出現的成分，並沒有經過臨床試驗的驗證，也不能像普通食物壹樣長期服用來證明其安全性。魚油的效果和毒性僅僅靠商家是不太可信的。很有可能是所謂的功能沒有體現出來，而是體現了脂肪堆積、過氧化等副作用。？
華南農業大學食品化學系吳教授:深海魚油確實有其獨特的含量，即DHA和EPA。但現有的保健品深海魚油能否為人體提供這些營養成分，值得探討。與其花很多錢買魚油，不如直接吃魚。？
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