1.壹般處理
註意臥床休息，用陰囊托或墊托起陰囊緩解癥狀。疼痛嚴重者可使用止痛藥，局部熱敷可緩解癥狀，促進炎癥消退。但不宜過早使用熱敷，以免加重疼痛，促進感染擴散的風險。所以前期局部冷敷以冰袋為宜。此外，為防止感染進壹步加重，也應避免性生活和體力勞動。
2.藥物療法
對細菌感染敏感的抗生素主要根據細菌培養和抗菌藥物敏感性試驗結果選擇。通常選擇靜脈給藥。壹般治療1 ~ 2周後，改為口服藥物2 ~ 4周，防止變成慢性。
其次，急性衣原體附睪炎的治療多為大環內酯類抗生素聯合皮質類固醇，療程較長。
3.外科療法
絕大多數附睪炎患者經藥物治療後會自行消失，但也有少部分可能出現膿腫，需要手術切開引流。如果發展成慢性附睪炎，伴有局部劇烈疼痛，反復發作，影響生活和工作，可以考慮附睪炎。
另外，同時出現的前列腺炎、精囊炎、尿道炎也需要治療。慢性附睪炎睪丸炎易持續，治療應規範。壹般來說，急性發作和急性附睪睪丸炎是壹樣的，非急性發作的患者要註意勞逸結合，合理營養，避免酒精、辛辣等刺激性食物和頻繁的性刺激。慢性附睪炎睪丸炎急性發作，可用廣譜抗生素治療兩周。用藥前還建議完善“中段尿細菌培養+藥敏試驗”和衣原體檢測。可根據經驗選擇頭孢菌素或喹諾酮作為抗生素。根據病情需要選擇非甾體抗炎藥。可采用中藥或中成藥進行輔助治療。對於持續復發的慢性附睪炎，應註意排除結核性附睪炎和睪丸炎，必要時進行抗結核治療。慢性附睪炎，久治不愈，也可慎用附睪炎治療。