2011年7月開工建設，2012年10月開始運行。該中心的成立旨在發揮北京中醫藥大學中醫學科齊全、理論基礎紮實、臨床實踐豐富等優勢。該中心以臨床療效為基礎，以中醫藥理論為指導，采用現代化學、藥理學、生物學、醫學、計算機科學、生物信息學等多學科研究方法，系統研究常用中藥及復方的化學成分、體內過程、配伍規律和作用機制，闡明有效物質和作用機制。將中藥有效物質及其配伍開發成療效確切、安全性高、有效成分明確、作用機制明確、質量可控、劑型先進、服用方便的現代中藥；同時，對有效成分的生物來源途徑和生物合成進行了探討。解讀中醫理論，創造現代中醫，推動中醫現代化和國際化。
2.糖尿病研究中心
本中心是在中醫藥防治糖尿病及其並發癥成效顯著的大形勢下，為整合相關資源，發揮我們的優勢，集理論研究、臨床研究、實驗研究、新藥研發於壹體的國內外科研合作平臺。
機構:中心設有臨床實驗室、實驗實驗室、藥物實驗室，其中臨床實驗室設在附壹院、附二院、附三院，藥物實驗室設在中醫學院，實驗實驗室設在邵氏科研樓四樓。擁有紅外熱成像系統(TTM)和熒光倒置顯微鏡、潔凈工作臺、生物安全櫃以及各種電泳設備等先進的實驗儀器，能夠創建和復制動物模型、形態學、細胞生物學和分子。
3、北京中醫藥發展政策研究中心
北京中醫藥發展政策研究中心是由北京中醫藥大學和北京市中醫藥管理局以“局校共建”的形式建立的專門從事政策研究的智庫平臺。該中心主要圍繞北京中醫藥發展中的政策、機制、體制等宏觀和瓶頸問題開展政策研究，不斷提升首都中醫藥政策研究水平，充分發揮行業智庫功能，為北京和全國中醫藥科學決策提供高水平智力支持。
4.北京中醫心血管疾病研究所